Original Title: Identification of Three Toxocara species, T. canis in Dogs, and T. cati and T. malaysiensis in cats, in Vietnam by PCR-RFLP Analysis and DNA Sequencing
Source: doi.org/10.31817/vjas.2023.6.4.02
Disclaimer: Summary generated by AI based on the provided document. Please refer to the original paper for full scientific accuracy.

ការកំណត់អត្តសញ្ញាណប្រភេទព្រូន Toxocara ចំនួនបីគឺ T. canis នៅក្នុងសត្វឆ្កែ និង T. cati ព្រមទាំង T. malaysiensis នៅក្នុងសត្វឆ្មា នៅប្រទេសវៀតណាម ដោយការវិភាគ PCR-RFLP និងការកំណត់លំដាប់ DNA

ចំណងជើងដើម៖ Identification of Three Toxocara species, T. canis in Dogs, and T. cati and T. malaysiensis in cats, in Vietnam by PCR-RFLP Analysis and DNA Sequencing

អ្នកនិពន្ធ៖ Nguyen Thi Hoang Yen (Vietnam National University of Agriculture), Nguyen Van Phuong, Duong Duc Hieu, Nguyen Thi Lan Anh

ឆ្នាំបោះពុម្ព៖ 2023, Vietnam Journal of Agricultural Sciences

វិស័យសិក្សា៖ Veterinary Medicine

១. សេចក្តីសង្ខេបប្រតិបត្តិ (Executive Summary)

បញ្ហា (The Problem)៖ ការសិក្សានេះដោះស្រាយភាពមិនច្បាស់លាស់អំពីសមាសភាពនៃប្រភេទព្រូនមូល Toxocara (Toxocara roundworms) ដែលមាននៅក្នុងសត្វឆ្កែ និងសត្វឆ្មាក្នុងប្រទេសវៀតណាម ពិសេសដើម្បីបញ្ជាក់ពីវត្តមានរបស់ T. cati និង T. malaysiensis នៅក្នុងសត្វឆ្មា។

វិធីសាស្ត្រ (The Methodology)៖ អ្នកស្រាវជ្រាវបានប្រមូលគំរូព្រូនពេញវ័យពីសត្វឆ្កែនិងឆ្មា ហើយប្រើប្រាស់បច្ចេកទេសម៉ូលេគុលដើម្បីកំណត់អត្តសញ្ញាណប្រភេទព្រូនទាំងនេះ។

លទ្ធផលសំខាន់ៗ (The Verdict)៖

២. ការវិភាគលើប្រសិទ្ធភាព និងដែនកំណត់ (Performance & Constraints)

វិធីសាស្ត្រ (Method) គុណសម្បត្តិ (Pros) គុណវិបត្តិ (Cons) លទ្ធផលគន្លឹះ (Key Result)
PCR-RFLP (PCR-linked restriction fragment length polymorphism)
ការវិភាគដោយបច្ចេកទេស PCR-RFLP
ចំណេញពេលវេលា និងសន្សំសំចៃថវិកាក្នុងការបែងចែកប្រភេទព្រូនទាំងបី ដោយប្រើអង់ស៊ីមកាត់តែមួយមុខ (MseI)។ អាចមានភាពភាន់ច្រឡំដោយសារតែមានបម្រែបម្រួលលំដាប់ហ្សែននៅក្នុងប្រភេទតែមួយ (Intra-specific sequence variations) ដែលធ្វើឱ្យលំនាំនៃការកាត់អង់ស៊ីមមានភាពខុសគ្នាបន្លំជាប្រភេទផ្សេង។ បានបង្ហាញលំនាំនៃការកាត់អង់ស៊ីមចំនួន ៤ ប្រភេទសម្រាប់សត្វឆ្មា និង ២ ប្រភេទសម្រាប់សត្វឆ្កែ ប៉ុន្តែមិនអាចបញ្ជាក់អត្តសញ្ញាណបានសុក្រឹត១០០%ដោយគ្មានការផ្ទៀងផ្ទាត់បន្ថែមនោះទេ។
DNA Sequencing
ការកំណត់លំដាប់សេកង់ DNA (DNA Sequencing)
ផ្តល់លទ្ធផលច្បាស់លាស់ និងសុក្រឹតបំផុតក្នុងការបញ្ជាក់អត្តសញ្ញាណប្រភេទព្រូន និងអាចស្វែងរកឃើញបម្រែបម្រួលហ្សែនខាងក្នុងប្រភេទនីមួយៗបានយ៉ាងលម្អិត។ ទាមទារការចំណាយថវិកាច្រើន ត្រូវការឧបករណ៍ទំនើប និងចំណាយពេលវេលាយូរជាងបច្ចេកទេស PCR-RFLP។ បានបញ្ជាក់យ៉ាងច្បាស់ថា គំរូពីឆ្មាមាន T. cati (១១០) និង T. malaysiensis (១) ចំណែកគំរូពីឆ្កែមាន T. canis (១៦) ដោយមានភាពស្រដៀងគ្នាពី ៩២.៩៧% ទៅ ១០០% ធៀបនឹងទិន្នន័យយោងក្នុង GenBank។

ការចំណាយលើធនធាន (Resource Cost)៖ ការសិក្សានេះទាមទារនូវឧបករណ៍មន្ទីរពិសោធន៍ជីវវិទ្យាម៉ូលេគុលកម្រិតខ្ពស់ និងសារធាតុគីមីមួយចំនួនសម្រាប់ការវិភាគ PCR និង DNA ទោះបីជាបច្ចេកទេស PCR-RFLP ត្រូវបានអះអាងថាសន្សំសំចៃក៏ដោយ។

៣. ការពិនិត្យសម្រាប់បរិបទកម្ពុជា/អាស៊ីអាគ្នេយ៍

ភាពលំអៀងនៃទិន្នន័យ (Data Bias)៖

ការសិក្សានេះត្រូវបានធ្វើឡើងនៅក្នុងតំបន់ភូមិសាស្ត្រតូចចង្អៀតមួយ គឺនៅភាគខាងជើងនៃប្រទេសវៀតណាម (ទីក្រុងហាណូយ និងខេត្តហាយសឿង) ដោយប្រើប្រាស់គំរូព្រូនពេញវ័យចំនួន ១២៧ ក្បាល។ ដោយសារកម្ពុជាមានអាកាសធាតុ លក្ខខណ្ឌបរិស្ថាន និងទម្លាប់ចិញ្ចឹមសត្វស្រដៀងគ្នានឹងវៀតណាម ការយល់ដឹងពីការវិវត្ត និងការបែងចែកប្រភេទព្រូន Toxocara ទាំងនេះ មានសារៈសំខាន់ណាស់សម្រាប់ការវាយតម្លៃហានិភ័យនៃជំងឺឆ្លងពីសត្វមកមនុស្សនៅកម្ពុជា។

លទ្ធភាពនៃការអនុវត្ត (Applicability)៖

វិធីសាស្ត្រគួបផ្សំរវាង PCR-RFLP និង DNA Sequencing នេះមានអត្ថប្រយោជន៍យ៉ាងខ្លាំងសម្រាប់ការស្រាវជ្រាវផ្នែកសុខភាពសត្វ និងសុខភាពសាធារណៈនៅកម្ពុជា។

ការអនុវត្តវិធីសាស្ត្រម៉ូលេគុលចម្រុះនេះ នឹងជួយពង្រឹងសមត្ថភាពប្រព័ន្ធតាមដានជំងឺឆ្លងនៅកម្ពុជាឱ្យកាន់តែមានសុក្រឹតភាព ជៀសវាងការធ្វើរោគវិនិច្ឆ័យខុសប្រភេទព្រូនដែលអាចប៉ះពាល់ដល់ប្រសិទ្ធភាពនៃការព្យាបាល។

៤. ផែនការសកម្មភាពសម្រាប់និស្សិត (Actionable Roadmap)

ដើម្បីអនុវត្តតាមការសិក្សានេះ និស្សិតគួរអនុវត្តតាមជំហានខាងក្រោម៖

  1. សិក្សាមូលដ្ឋានគ្រឹះនៃម៉ូលេគុលជីវវិទ្យា និងការរចនា PCR: ស្វែងយល់ពីបច្ចេកទេសទាញយក DNA ចេញពីសាច់ដុំព្រូន និងការប្រើប្រាស់កម្មវិធី NCBI Primer-BLASTPrimer3 ដើម្បីរចនាប្រៃមឺរគោលដៅលើហ្សែន cox1 របស់ព្រូន Toxocara
  2. ការអនុវត្តបច្ចេកទេស PCR-RFLP ក្នុងមន្ទីរពិសោធន៍: អនុវត្តផ្ទាល់ក្នុងការធ្វើប្រតិកម្ម PCR បន្ទាប់មកកាត់បំណែកហ្សែនដោយប្រើអង់ស៊ីម MseI លាយបញ្ចូលគ្នា និងរត់នៅលើ Agarose Gel Electrophoresis ដើម្បីវិភាគរកលំនាំកាត់ខុសៗគ្នា។
  3. ការវិភាគទិន្នន័យ DNA Sequencing: រៀនប្រើប្រាស់កម្មវិធីវិភាគទិន្នន័យជីវពត៌មានវិទ្យា (Bioinformatics) ដូចជា Geneious Prime ដើម្បីតម្រឹម (Align) លំដាប់សេកង់ DNA និងប្រៀបធៀបវាជាមួយទិន្នន័យក្នុង GenBank តាមរយៈឧបករណ៍ BLAST search
  4. រៀបចំគម្រោងស្រាវជ្រាវសាកល្បងនៅកម្ពុជា: សរសេរសំណើគម្រោងស្រាវជ្រាវ (Research Proposal) ដោយប្រមូលគំរូព្រូនពេញវ័យពីសត្វឆ្កែ និងឆ្មាតាមគ្លីនិកបសុពេទ្យក្នុងរាជធានីភ្នំពេញ យកមកអនុវត្តបច្ចេកទេសខាងលើដើម្បីចងក្រងជាទិន្នន័យប្រភេទព្រូន Toxocara លើកដំបូងនៅកម្ពុជា។

៥. វាក្យសព្ទបច្ចេកទេស (Technical Glossary)

ពាក្យបច្ចេកទេស ការពន្យល់ជាខេមរភាសា (Khmer Explanation) និយមន័យសាមញ្ញ (Simple Definition)
PCR-RFLP (ប្រតិកម្មច្រវាក់ប៉ូលីមេរ៉ាស-ភាពចម្រុះនៃប្រវែងបំណែកកាត់) ជាបច្ចេកទេសម៉ូលេគុលដែលគេប្រើម៉ាស៊ីន PCR ដើម្បីចម្លងហ្សែនគោលដៅឱ្យបានច្រើន បន្ទាប់មកប្រើអង់ស៊ីមដើម្បីកាត់ហ្សែននោះជាកង់ៗ។ ប្រវែងនៃកង់ហ្សែនដែលកាត់បានបង្កើតជាលំនាំជាក់លាក់មួយ ដែលអាចប្រាប់យើងពីប្រភេទរបស់សត្វ ឬអតិសុខុមប្រាណនោះ។ ដូចជាការថតចម្លងសៀវភៅមួយក្បាលឱ្យបានច្រើនសន្លឹក រួចយកកន្ត្រៃមកកាត់តាមពាក្យគន្លឹះ បន្ទាប់មកវាស់ប្រវែងក្រដាសដែលកាត់បានដើម្បីដឹងថានេះជាសៀវភៅរឿងអ្វី។
DNA Sequencing (ការកំណត់លំដាប់សេកង់ DNA) ជាដំណើរការមន្ទីរពិសោធន៍កម្រិតខ្ពស់ដើម្បីអានតួអក្សរនីមួយៗ (A, C, T, G) ដែលតម្រៀបគ្នាបង្កើតជាខ្សែ DNA របស់បាក់តេរី វីរុស ឬសត្វ ដើម្បីដឹងច្បាស់១០០%ពីអត្តសញ្ញាណ និងអាចប្រៀបធៀបរកភាពខុសគ្នាបន្តិចបន្តួចនៃហ្សែនបាន។ ដូចជាការអានអក្សរនិងលេខមួយតួៗនៅលើស្លាកលេខរថយន្ត ដើម្បីដឹងច្បាស់ថាតើរថយន្តនេះជារបស់នរណា និងចុះបញ្ជីនៅខេត្តណា។
cox1 gene (ហ្សែន cox1) ជាប្រភេទហ្សែនមួយដែលមាននៅក្នុងមីតូកុងឌ្រី (Mitochondria) នៃកោសិកាសត្វ ដែលអ្នកវិទ្យាសាស្ត្រនិយមប្រើជា "បាកូដ (Barcode) ជីវសាស្ត្រ" សម្រាប់សម្គាល់អត្តសញ្ញាណប្រភេទសត្វផ្សេងៗគ្នា ព្រោះវាមានលក្ខណៈប្លែកៗពីគ្នាទោះក្នុងអម្បូរសត្វស្រដៀងគ្នាក៏ដោយ។ ដូចជាលេខកូដបាកូដ (Barcode) នៅលើទំនិញក្នុងផ្សារទំនើប ដែលគ្រាន់តែស្កេនទៅដឹងភ្លាមថាវាជាទំនិញអ្វី និងមានប្រភពពីណា។
Endonuclease (អង់ស៊ីមកាត់បំបែកហ្សែន) ជាប្រភេទប្រូតេអ៊ីនម្យ៉ាង (អង់ស៊ីម) ដែលមានតួនាទីដើរស្វែងរកលំដាប់អក្សរ DNA ជាក់លាក់ណាមួយ (Restriction site) ហើយកាត់ផ្តាច់ខ្សែ DNA នោះនៅត្រង់ចំណុចនោះតែម្តង។ ក្នុងការសិក្សានេះ គេប្រើអង់ស៊ីមឈ្មោះ MseI ដើម្បីកាត់ហ្សែនព្រូន។ ដូចជាកន្ត្រៃឆ្លាតវៃមួយដែលអាចកាត់ខ្សែបូបានលុះត្រាតែវាស្វែងរកឃើញពណ៌ក្រហមនៅចន្លោះពណ៌ខៀវ។
Intra-specific sequence variations (បម្រែបម្រួលលំដាប់ហ្សែនក្នុងប្រភេទតែមួយ) ជាភាពខុសគ្នាបន្តិចបន្តួចនៃទម្រង់ DNA រវាងសត្វ ឬព្រូនដែលមានប្រភេទ (Species) ដូចគ្នាបេះបិទ។ នេះជាមូលហេតុដែលធ្វើឱ្យពេលខ្លះការកាត់ហ្សែនដោយអង់ស៊ីម (PCR-RFLP) អាចមានលំនាំខុសគ្នា ទោះបីជាវាជាព្រូនប្រភេទ Toxocara cati ដូចគ្នាក៏ដោយ។ ដូចជាមនុស្សយើងដែលជាជនជាតិខ្មែរដូចគ្នា ប៉ុន្តែមានអ្នកខ្លះសក់ត្រង់ អ្នកខ្លះសក់រួញ ឬមានទម្រង់មុខខុសគ្នាបន្តិចបន្តួច។
Zoonotic parasitic disease (ជំងឺប៉ារ៉ាស៊ីតឆ្លងពីសត្វមកមនុស្ស) ជាប្រភេទជំងឺបង្កឡើងដោយព្រូន តេនញ៉ា ឬសត្វល្អិតតូចៗ ដែលជាទូទៅរស់នៅក្នុងខ្លួនសត្វ (ដូចជាឆ្កែឬឆ្មា) ហើយអាចចម្លងមកមនុស្សតាមរយៈការប៉ះពាល់ផ្ទាល់ ឬការបរិភោគចំណីអាហារនិងទឹកដែលមានលាយឡំនឹងស៊ុតរបស់ប៉ារ៉ាស៊ីតទាំងនោះ។ ដូចជាករណីជំងឺឆ្កែឆ្កួត ដែលជំងឺនេះភាគច្រើនកើតមានលើសត្វឆ្កែ ប៉ុន្តែបើវាខាំមនុស្ស មនុស្សក៏នឹងឆ្លងជំងឺនេះ និងអាចមានគ្រោះថ្នាក់ដល់ជីវិតដែរ។
Agarose gel electrophoresis (ការបំបែកម៉ូលេគុលលើជែលដោយចរន្តអគ្គិសនី) ជាបច្ចេកទេសមន្ទីរពិសោធន៍ដែលប្រើចរន្តអគ្គិសនីដើម្បីរុញច្រានបំណែក DNA ឱ្យរត់ឆ្លងកាត់បន្ទះជែល (មានសភាពស្រដៀងចាហួយ)។ បំណែក DNA ខ្លីៗរត់បានលឿនជាងបំណែកវែងៗ ដែលជួយឱ្យអ្នកស្រាវជ្រាវអាចបែងចែកទំហំ DNA និងមើលឃើញវាជាបន្ទាត់ៗនៅក្រោមពន្លឺកាំរស្មី UV។ ដូចជាការរៀបចំការប្រណាំងរត់ឆ្លងកាត់ព្រៃក្រាស់ (ជែល) ដែលក្មេងតូចៗមានមាឌតូច (DNA ខ្លី) អាចរត់លូនកាត់បានលឿនជាងមនុស្សធំដែលមានមាឌធំ (DNA វែង)។

៦. ប្រធានបទពាក់ព័ន្ធ (Further Reading)

អត្ថបទដែលបានបោះពុម្ពនៅលើ KhmerResearch ដែលទាក់ទងនឹងប្រធានបទនេះ៖

ប្រធានបទ និងសំណួរស្រាវជ្រាវដែលទាក់ទងនឹងឯកសារនេះ ដែលអ្នកអាចស្វែងរកបន្ថែម៖