Original Title: Using Real time PCR Technique for the Detection of Xanthomonas citri subsp. citri, Causal Agent of Citrus Canker for Certification of Canker Free Orchards
Source: doi.org/10.14456/thaidoa-agres.2017.23
Disclaimer: Summary generated by AI based on the provided document. Please refer to the original paper for full scientific accuracy.

ការប្រើប្រាស់បច្ចេកទេស Real time PCR សម្រាប់ការរកឃើញបាក់តេរី Xanthomonas citri subsp. citri ដែលជាភ្នាក់ងារបង្កជំងឺ Canker លើក្រូចថ្លុង ដើម្បីបញ្ជាក់វិញ្ញាបនបត្រចម្ការដែលគ្មានជំងឺ Canker

ចំណងជើងដើម៖ Using Real time PCR Technique for the Detection of Xanthomonas citri subsp. citri, Causal Agent of Citrus Canker for Certification of Canker Free Orchards

អ្នកនិពន្ធ៖ Nuttima Kositcharoenkul (Plant Protection Research and Development Office, Department of Agriculture), Tippawan Kanhayart, Buranee Puawongphat, Rungnapha Thong kreng, Boonpiyatida Klongklew

ឆ្នាំបោះពុម្ព៖ 2017, Thai Agricultural Research Journal

វិស័យសិក្សា៖ Plant Pathology

១. សេចក្តីសង្ខេបប្រតិបត្តិ (Executive Summary)

បញ្ហា (The Problem)៖ សហភាពអឺរ៉ុបមានតម្រូវការយ៉ាងតឹងរ៉ឹងក្នុងការនាំចូលក្រូចថ្លុង ដោយទាមទារឱ្យមានវិញ្ញាបនបត្របញ្ជាក់ថាចម្ការដាំដុះគឺគ្មានជំងឺ Canker ដែលបង្កដោយបាក់តេរី Xanthomonas citri subsp. citri។ ដូច្នេះ វាមានភាពចាំបាច់ក្នុងការអភិវឌ្ឍវិធីសាស្ត្ររកឃើញមេរោគនេះប្រកបដោយប្រសិទ្ធភាព និងភាពត្រឹមត្រូវខ្ពស់។

វិធីសាស្ត្រ (The Methodology)៖ ការសិក្សានេះបានប្រើប្រាស់បច្ចេកទេស Real-time PCR ដើម្បីកំណត់អត្តសញ្ញាណបាក់តេរីបង្កជំងឺ ដោយវាយតម្លៃលើភាពជាក់លាក់ និងភាពរសើបរបស់វាប្រៀបធៀបជាមួយវិធីសាស្ត្រផ្សេងៗ។

លទ្ធផលសំខាន់ៗ (The Verdict)៖

២. ការវិភាគលើប្រសិទ្ធភាព និងដែនកំណត់ (Performance & Constraints)

វិធីសាស្ត្រ (Method) គុណសម្បត្តិ (Pros) គុណវិបត្តិ (Cons) លទ្ធផលគន្លឹះ (Key Result)
Real-time PCR (Primers 2/3 & D1/D2)
បច្ចេកទេស Real-time PCR ដោយប្រើប្រាស់ Primer 2/3 និង D1/D2
មានភាពរហ័ស (ដឹងលទ្ធផលក្នុងរយៈពេល 2-3 ម៉ោង) រសើបខ្លាំង មិនប្រើប្រាស់សារធាតុគីមីពុល (ethidium bromide) និងអាចរកឃើញបាក់តេរីដែលរស់តែមិនអាចបណ្តុះបាន (VBNC)។ ត្រូវការឧបករណ៍ម៉ាស៊ីនទំនើបដែលមានតម្លៃថ្លៃ និងអាចចាប់បាន DNA របស់កោសិកាបាក់តេរីដែលងាប់ ដែលអាចធ្វើឱ្យមានលទ្ធផលវិជ្ជមានទោះបីជាគ្មានមេរោគសកម្មក៏ដោយ។ អាចរកឃើញបាក់តេរី X. citri ក្នុងកម្រិតទាបបំផុតត្រឹម 5 pg នៃ DNA ឬ 81 CFU/ml និងរកឃើញមេរោគលើគំរូចំនួន 44/50 (88%)។
Standard PCR
បច្ចេកទេស PCR ធម្មតា (Standard PCR)
មានភាពជាក់លាក់ និងអាចរកឃើញបាក់តេរីបង្កជំងឺបានត្រឹមត្រូវដូចគ្នាទៅនឹង Real-time PCR សម្រាប់ការធ្វើតេស្តលើគំរូជាក់ស្តែង។ ត្រូវការពេលវេលាយូរជាងមុន តម្រូវឱ្យមានការរត់ជែល (Gel electrophoresis) និងប្រើប្រាស់សារធាតុពុល (ethidium bromide) ដែលបង្កហានិភ័យដល់អ្នកពិសោធន៍។ អាចរកឃើញការរាតត្បាតលើគំរូដែលមានរោគសញ្ញាចំនួន 10/10 ដូចគ្នាទៅនឹង Real-time PCR តែមានភាពស្មុគស្មាញក្នុងការតាមដានលទ្ធផល។
Selective Media Isolation (SX medium)
ការបណ្តុះបាក់តេរីលើចំណីអាហារ SX medium
អាចបញ្ជាក់ច្បាស់ពីវត្តមានរបស់បាក់តេរីដែលនៅរស់រានមានជីវិត និងមានសមត្ថភាពបង្កជំងឺពិតប្រាកដ។ ប្រើប្រាស់ពេលវេលាយូរ (3-4 ថ្ងៃ) មានប្រសិទ្ធភាពក្នុងការបណ្តុះទាប (54.4%) និងមិនអាចបណ្តុះបាននូវបាក់តេរីប្រភេទ VBNC ឬបាក់តេរីដែលមានបរិមាណតិចតួចពេក។ អាចបណ្តុះរកឃើញមេរោគបានតែ 38 គំរូ ប៉ុណ្ណោះ ក្នុងចំណោម 50 គំរូ ដែលតិចជាងការធ្វើតេស្តដោយ Real-time PCR។

ការចំណាយលើធនធាន (Resource Cost)៖ ការអនុវត្តបច្ចេកទេស Real-time PCR ទាមទារការវិនិយោគខ្ពស់ទៅលើឧបករណ៍មន្ទីរពិសោធន៍ទំនើប និងសារធាតុគីមីជីវសាស្ត្រម៉ូលេគុលជាក់លាក់ ដែលមានតម្លៃថ្លៃជាងការបណ្តុះមេរោគធម្មតា។

៣. ការពិនិត្យសម្រាប់បរិបទកម្ពុជា/អាស៊ីអាគ្នេយ៍

ភាពលំអៀងនៃទិន្នន័យ (Data Bias)៖

ការសិក្សានេះត្រូវបានធ្វើឡើងនៅក្នុងចម្ការក្រូចថ្លុងចំនួន 130 នៅក្នុងស្រុក Wiang Kaen ខេត្ត Chiang Rai ប្រទេសថៃ។ ដោយសារប្រទេសកម្ពុជាមានលក្ខខណ្ឌអាកាសធាតុ កសិកម្ម និងប្រភេទដំណាំស្រដៀងគ្នាទៅនឹងប្រទេសថៃ ទិន្នន័យ និងវិធីសាស្ត្រនេះមានភាពស៊ីចង្វាក់គ្នាយ៉ាងខ្លាំង។ វាមានសារៈសំខាន់សម្រាប់កម្ពុជាក្នុងការប្រើប្រាស់ពិធីសារនេះជាគំរូដើម្បីពង្រឹងការនាំចេញកសិផលដែលទាមទារស្តង់ដារអនាម័យខ្ពស់។

លទ្ធភាពនៃការអនុវត្ត (Applicability)៖

បច្ចេកទេសម៉ូលេគុលនេះមានអត្ថប្រយោជន៍ និងភាពចាំបាច់យ៉ាងខ្លាំងសម្រាប់វិស័យកសិកម្មនៅកម្ពុជា ជាពិសេសក្នុងការធានាសុវត្ថិភាពភូតគាមអនាម័យសម្រាប់ការនាំចេញកសិផល។

សរុបមក ការសហការរៀបចំមន្ទីរពិសោធន៍ដើម្បីអនុវត្តវិធីសាស្ត្រនេះ នឹងជួយលើកកម្ពស់គុណភាពកសិផលកម្ពុជា និងបើកច្រកទីផ្សារនាំចេញថ្មីៗដែលតម្រូវឱ្យមានស្តង់ដារតឹងរ៉ឹង។

៤. ផែនការសកម្មភាពសម្រាប់និស្សិត (Actionable Roadmap)

ដើម្បីអនុវត្តតាមការសិក្សានេះ និស្សិតគួរអនុវត្តតាមជំហានខាងក្រោម៖

  1. សិក្សាមូលដ្ឋានគ្រឹះនៃម៉ាស៊ីន PCR និងមេរោគ: និស្សិតគួរតែចាប់ផ្តើមដោយការស្រាវជ្រាវអំពីគោលការណ៍នៃបច្ចេកទេស Real-time PCR ការប្រើប្រាស់សារធាតុ SYBR Green I និងលក្ខណៈជីវសាស្ត្ររបស់បាក់តេរី Xanthomonas citri subsp. citri
  2. អនុវត្តការចម្រាញ់ DNA និងការរចនា Primer: ចូលរួមក្នុងវគ្គអនុវត្តន៍ផ្ទាល់ ដើម្បីចម្រាញ់ Genomic DNA ពីរុក្ខជាតិ ឬបាក់តេរី និងរៀនប្រើកម្មវិធីរចនា Primer ដើម្បីកំណត់គោលដៅហ្សែន pthA gene ដូចដែលបានប្រើក្នុងការសិក្សា។
  3. សាកល្បងបណ្ដុះបាក់តេរី (Bacterial Culturing): ធ្វើការពិសោធន៍ដោយផ្ទាល់ជាមួយការបណ្តុះមេរោគក្នុងមន្ទីរពិសោធន៍លើចំណីអាហារ Semi-selective (SX medium) ដើម្បីសិក្សាពីល្បឿនលូតលាស់ និងប្រៀបធៀបវាជាមួយនឹងការធ្វើតេស្តម៉ូលេគុល។
  4. ចុះកម្មសិក្សានៅវិទ្យាស្ថានស្រាវជ្រាវរដ្ឋ: ស្វែងរកឱកាសចុះកម្មសិក្សានៅវិទ្យាស្ថានស្រាវជ្រាវ និងអភិវឌ្ឍន៍កសិកម្មកម្ពុជា (CARDI) ឬអគ្គនាយកដ្ឋានកសិកម្ម ដើម្បីអនុវត្តផ្ទាល់លើឧបករណ៍ពិតដូចជាម៉ាស៊ីន LightCycler 480 និងយល់ដឹងពីដំណើរការចេញវិញ្ញាបនបត្រភូតគាមអនាម័យពិតប្រាកដ។

៥. វាក្យសព្ទបច្ចេកទេស (Technical Glossary)

ពាក្យបច្ចេកទេស ការពន្យល់ជាខេមរភាសា (Khmer Explanation) និយមន័យសាមញ្ញ (Simple Definition)
Real time PCR (ប្រតិកម្មច្រវាក់ប៉ូលីមែរ៉ាសតាមពេលវេលាជាក់ស្តែង) បច្ចេកទេសម៉ូលេគុលដែលប្រើដើម្បីចម្លង និងបង្កើនចំនួន DNA របស់មេរោគគោលដៅ ព្រមទាំងអាចតាមដានបរិមាណ DNA ដែលកំពុងកើនឡើងភ្លាមៗនៅលើកញ្ចក់កុំព្យូទ័រ ដោយមិនចាំបាច់រង់ចាំរហូតដល់ចប់ប្រតិកម្មនោះទេ។ ដូចជាការថតវីដេអូមើលនំកំពុងឡើងប៉ោងក្នុងឡដុត ដែលយើងអាចដឹងពីទំហំរបស់វាភ្លាមៗដោយមិនបាច់រង់ចាំដល់នំឆ្អិន។
Primer (ប្រូម័រ / នុយក្លេអូទីតចាប់ផ្តើម) ជាបំណែក DNA ខ្លីៗដែលត្រូវបានរចនាឡើងយ៉ាងជាក់លាក់ ដើម្បីទៅចាប់គូជាមួយលំដាប់ DNA គោលដៅ (ឧទាហរណ៍ ហ្សែន pthA របស់មេរោគជំងឺ Canker) ដើម្បីចាប់ផ្តើមដំណើរការចម្លង និងបង្កើនចំនួន DNA នៅក្នុងម៉ាស៊ីន PCR។ ដូចជាកូនសោរពិសេសមួយ ដែលអាចចាក់បើកបានតែសោរទ្វារផ្ទះរបស់យើងប៉ុណ្ណោះ មិនអាចបើកផ្ទះអ្នកដទៃបានឡើយ។
Melting curve analysis (ការវិភាគខ្សែកោងរលាយ) វិធីសាស្ត្រមួយក្នុងម៉ាស៊ីន Real-time PCR ដើម្បីត្រួតពិនិត្យភាពជាក់លាក់នៃលទ្ធផល ដោយការវាស់សីតុណ្ហភាព (Tm) ដែលខ្សែ DNA ចម្លងថ្មីៗផ្តាច់ខ្លួនចេញពីគ្នា ព្រោះ DNA ដែលមានប្រវែង និងសមាសភាពខុសគ្នា នឹងរលាយនៅសីតុណ្ហភាពខុសគ្នា។ ដូចជាការកំណត់អត្តសញ្ញាណលោហៈដោយការវាស់សីតុណ្ហភាពរលាយរបស់វា (មាសរលាយនៅសីតុណ្ហភាពមួយ ឯដែករលាយនៅសីតុណ្ហភាពមួយផ្សេងទៀត)។
Xanthomonas citri subsp. citri (បាក់តេរីប្រភេទ សានតូម៉ូណាស ស៊ីទ្រី) គឺជាប្រភេទបាក់តេរីបង្កជំងឺម្យ៉ាងដែលវាយប្រហារជាចម្បងលើរុក្ខជាតិអំបូរក្រូច (ដូចជា ក្រូចថ្លុង ក្រូចពោធិ៍សាត់) ដែលបណ្តាលឲ្យមានជំងឺ Canker (ដំបៅក្រូច) ធ្វើឲ្យខូចខាតដល់ទិន្នផល និងគុណភាពផ្លែយ៉ាងធ្ងន់ធ្ងរ។ ដូចជាសត្វកណ្តៀរដែលចូលចិត្តស៊ីតែឈើប្រភេទជាក់លាក់ណាមួយ ហើយធ្វើឱ្យខូចខាតរចនាសម្ព័ន្ធឈើនោះ។
SYBR green fluorescence (ពន្លឺផ្លុយអូរ៉េសង់ SYBR green) ជាសារធាតុគីមីម្យ៉ាងដែលបញ្ចេញពន្លឺពណ៌បៃតងនៅពេលវាទៅចាប់ភ្ជាប់ជាមួយខ្សែ DNA ទ្វេ (double-stranded DNA) ក្នុងពេលកំពុងធ្វើ PCR ដើម្បីឲ្យម៉ាស៊ីនអាចចាប់យកពន្លឺនេះ និងវាស់ស្ទង់បរិមាណ DNA ដែលត្រូវបានបង្កើតថ្មីៗ។ ដូចជាការលាបថ្នាំពណ៌បញ្ចេញពន្លឺលើរថយន្តនៅពេលយប់ ពេលរថយន្តកាន់តែច្រើន ពន្លឺក៏កាន់តែភ្លឺខ្លាំង ដែលធ្វើឲ្យយើងដឹងពីចំនួនរថយន្តនៅលើដងផ្លូវ។
Viable but non-culturable / VBNC (ស្ថានភាពរស់តែមិនអាចបណ្តុះបាន) ស្ថានភាពមួយដែលបាក់តេរីនៅមានជីវិត និងមានសមត្ថភាពបង្កជំងឺ ប៉ុន្តែវាមិនលូតលាស់ ឬបំបែកខ្លួនទេនៅពេលដែលគេយកវាទៅបណ្តុះលើចានចំណីអាហារក្នុងមន្ទីរពិសោធន៍ធម្មតា ដែលធ្វើឱ្យពិបាករកវាឃើញតាមវិធីសាស្ត្រចាស់។ ដូចជាសត្វខ្លាឃ្មុំដែលកំពុងសម្ងំដេកក្នុងរដូវរងា (hibernation) វានៅរស់រានមានជីវិត ប៉ុន្តែមិនមានសកម្មភាពស៊ីចំណី ឬកម្រើកខ្លួនឡើយ។
pthA gene (ហ្សែន pthA) ជាហ្សែនមួយប្រភេទដែលមានវត្តមានតែនៅក្នុងបាក់តេរី X. citri subsp. citri ប៉ុណ្ណោះ ដែលដើរតួនាទីយ៉ាងសំខាន់ក្នុងការបញ្ជាឱ្យបាក់តេរីនេះអាចបង្កជំងឺដំបៅ (canker) លើកោសិការុក្ខជាតិអំបូរក្រូច។ ដូចជាកូដបញ្ជាវាយប្រហារសម្ងាត់របស់កងទ័ព ដែលមានតែក្រុមទាហាននេះមួយគត់ដែលស្គាល់ និងប្រើប្រាស់វាដើម្បីវាយលុកសត្រូវ។
Phytosanitary Measures (វិធានការភូតគាមអនាម័យ) ស្តង់ដារ និងច្បាប់តម្រូវអន្តរជាតិសម្រាប់ការត្រួតពិនិត្យរុក្ខជាតិ និងផលិតផលកសិកម្ម ដើម្បីទប់ស្កាត់ការនាំចូល ឬការរីករាលដាលនៃសត្វល្អិតចង្រៃ និងជំងឺឆ្លងផ្សេងៗឆ្លងកាត់ព្រំដែនប្រទេស។ ដូចជាការត្រួតពិនិត្យលិខិតឆ្លងដែន និងកំណត់ត្រាវ៉ាក់សាំងនៅអាកាសយានដ្ឋាន ដើម្បីការពារកុំឱ្យអ្នកដំណើរនាំជំងឺឆ្លងចូលក្នុងប្រទេស។

៦. ប្រធានបទពាក់ព័ន្ធ (Further Reading)

អត្ថបទដែលបានបោះពុម្ពនៅលើ KhmerResearch ដែលទាក់ទងនឹងប្រធានបទនេះ៖

ប្រធានបទ និងសំណួរស្រាវជ្រាវដែលទាក់ទងនឹងឯកសារនេះ ដែលអ្នកអាចស្វែងរកបន្ថែម៖