បញ្ហា (The Problem)៖ ការសិក្សានេះដោះស្រាយបញ្ហានៃការខ្វះការយល់ដឹងស៊ីជម្រៅអំពីយន្តការជីវគីមីនៃសមាសធាតុប្រឆាំងនឹងការរលាកពីរប្រភេទ (fucoxanthin និង sargachromenol) ដែលចម្រាញ់ចេញពីសារាយសមុទ្រពណ៌ត្នោត (Sargassum spp.)។
វិធីសាស្ត្រ (The Methodology)៖ អ្នកស្រាវជ្រាវបានប្រើប្រាស់ការវិភាគផ្អែកលើម៉ូឌុលមុខងារនៃបណ្តាញអន្តរកម្មប្រូតេអ៊ីន-ប្រូតេអ៊ីន ដើម្បីកំណត់គោលដៅនិងយន្តការរបស់សមាសធាតុសកម្មទាំងនេះក្នុងកម្រិតម៉ូលេគុល។
លទ្ធផលសំខាន់ៗ (The Verdict)៖
| វិធីសាស្ត្រ (Method) | គុណសម្បត្តិ (Pros) | គុណវិបត្តិ (Cons) | លទ្ធផលគន្លឹះ (Key Result) |
|---|---|---|---|
| Network Topological Analysis ការវិភាគលក្ខណៈសណ្ឋានដីនៃបណ្តាញ |
ជួយកំណត់លក្ខណៈទូទៅនៃបណ្តាញ ថាតើវាមានលក្ខណៈជាបណ្តាញខ្នាតតូច (small world) និងមានការតភ្ជាប់បែបណា។ | មិនអាចបញ្ជាក់ពីយន្តការជីវសាស្ត្រ ឬមុខងារជាក់លាក់នៃប្រូតេអ៊ីននីមួយៗក្នុងការរលាកបានទេ។ | បានបង្ហាញថាបណ្តាញ PPI របស់សមាសធាតុទាំងពីរមានលក្ខណៈ scale-free, small world និង modularity បើធៀបនឹង random network។ |
| Functional Module-based Analysis ការវិភាគផ្អែកលើម៉ូឌុលមុខងារ |
អាចកំណត់ក្រុមប្រូតេអ៊ីនដែលធ្វើការរួមគ្នា និងពន្យល់ពីយន្តការជីវគីមី ឬផ្លូវសញ្ញា (Signaling pathways) ជាក់លាក់។ | ពឹងផ្អែកខ្លាំងទៅលើភាពត្រឹមត្រូវ និងទិន្នន័យដែលមានស្រាប់ពីមូលដ្ឋានទិន្នន័យអនឡាញ (Gene Ontology)។ | រកឃើញម៉ូឌុលរលាកចំនួន ៦ សម្រាប់ fucoxanthin និង ១ សម្រាប់ sargachromenol ដែលពន្យល់ពីយន្តការប្រឆាំងការរលាក។ |
ការចំណាយលើធនធាន (Resource Cost)៖ ការស្រាវជ្រាវនេះពឹងផ្អែកទាំងស្រុងលើការវិភាគតាមកុំព្យូទ័រ (In silico) ដែលមិនត្រូវការចំណាយលើសម្ភារៈមន្ទីរពិសោធន៍ថ្លៃៗឡើយ។
ការសិក្សានេះប្រើប្រាស់ទិន្នន័យដែលមានស្រាប់ពីមូលដ្ឋានទិន្នន័យអន្តរជាតិ (ផ្តោតលើគោលដៅប្រូតេអ៊ីនរបស់ Homo sapiens) ដោយពុំមានការបញ្ជាក់តាមរយៈការពិសោធន៍ជាក់ស្តែង (Wet-lab validation) បន្ថែមនោះទេ។ នេះជារឿងសំខាន់សម្រាប់កម្ពុជា ព្រោះទោះបីជាវិធីសាស្ត្រនេះជួយសន្សំសំចៃ ប៉ុន្តែលទ្ធផលត្រូវតែមានការយកទៅធ្វើតេស្តផ្ទាល់លើកោសិកា ឬស្រង់ចេញពីសារាយសមុទ្រក្នុងស្រុកដើម្បីធានាប្រសិទ្ធភាព។
វិធីសាស្ត្រវិភាគទិន្នន័យជីវសាស្ត្រតាមកុំព្យូទ័រនេះ គឺមានប្រយោជន៍ខ្លាំងណាស់សម្រាប់អ្នកស្រាវជ្រាវនៅកម្ពុជា ក្នុងការរុករកឱសថថ្មីៗដោយចំណាយដើមទុនតិចបំផុត។
ការរួមបញ្ចូលការវិភាគ Bioinformatics ជាមួយនឹងការស្រាវជ្រាវជីវចម្រុះក្នុងស្រុក នឹងបើកផ្លូវថ្មីនិងមានប្រសិទ្ធភាពចំណាយខ្ពស់សម្រាប់ការអភិវឌ្ឍន៍ឱសថនៅកម្ពុជា។
ដើម្បីអនុវត្តតាមការសិក្សានេះ និស្សិតគួរអនុវត្តតាមជំហានខាងក្រោម៖
| ពាក្យបច្ចេកទេស | ការពន្យល់ជាខេមរភាសា (Khmer Explanation) | និយមន័យសាមញ្ញ (Simple Definition) |
|---|---|---|
| Protein-protein interaction (PPI) network (បណ្តាញអន្តរកម្មប្រូតេអ៊ីន-ប្រូតេអ៊ីន) | ការវិភាគដោយប្រើកុំព្យូទ័រដើម្បីសិក្សាពីរបៀបដែលប្រូតេអ៊ីនផ្សេងៗនៅក្នុងកោសិកាធ្វើការទាក់ទង និងភ្ជាប់គ្នាដើម្បីបំពេញមុខងារជីវសាស្ត្រណាមួយ ដូចជាការឆ្លើយតបទៅនឹងការរលាកជាដើម។ | ដូចជាបណ្តាញទំនាក់ទំនងសង្គម (ឧទាហរណ៍ Facebook) ដែលបង្ហាញពីរបៀបដែលមនុស្សម្នាក់ៗ (ប្រូតេអ៊ីន) ស្គាល់ និងទាក់ទងគ្នាទៅវិញទៅមកដើម្បីធ្វើការងារមួយជាក្រុម។ |
| Functional module-based analysis (ការវិភាគផ្អែកលើម៉ូឌុលមុខងារ) | វិធីសាស្ត្រក្នុងជីវព័ត៌មានវិទ្យា ដែលបំបែកបណ្តាញប្រូតេអ៊ីនដ៏ធំមួយទៅជាក្រុមតូចៗ (ម៉ូឌុល) ដែលប្រូតេអ៊ីននៅក្នុងក្រុមនីមួយៗនោះមានទំនាក់ទំនងស្អិតរមួត និងធ្វើការរួមគ្នាលើមុខងារជាក់លាក់ណាមួយ (ឧទាហរណ៍៖ ការបញ្ឈប់ការរលាក)។ | ដូចជាការបែងចែកសិស្សក្នុងសាលាទាំងមូលទៅជាក្លឹបផ្សេងៗ (ក្លឹបកីឡា ក្លឹបសិល្បៈ) ដើម្បីងាយស្រួលរកមើលថាក្រុមណាធ្វើអ្វីពិតប្រាកដ។ |
| Scale-free property (លក្ខណៈបណ្តាញ Scale-free) | លក្ខណៈនៃបណ្តាញដែលប្រូតេអ៊ីនភាគច្រើនមានទំនាក់ទំនងតិចតួច ប៉ុន្តែមានប្រូតេអ៊ីនសំខាន់ៗមួយចំនួនតូច (ហៅថា Hubs) ដែលមានទំនាក់ទំនងយ៉ាងច្រើនសន្ធឹកសន្ធាប់ជាមួយប្រូតេអ៊ីនដទៃ។ ប្រសិនបើ Hubs ទាំងនេះរងផលប៉ះពាល់ វានឹងធ្វើឱ្យប្រព័ន្ធទាំងមូលប្រែប្រួល។ | ដូចជាបណ្តាញអាកាសយានដ្ឋាន ដែលអាកាសយានដ្ឋាននៅតាមខេត្តតូចៗមានជើងហោះហើរតិចតួច តែមានអាកាសយានដ្ឋានអន្តរជាតិធំៗ (Hubs) ដែលតភ្ជាប់ទៅគ្រប់ទិសទី។ |
| Small world property (លក្ខណៈបណ្តាញ Small world) | លក្ខណៈសណ្ឋានបណ្តាញដែលប្រូតេអ៊ីនណាមួយអាចបញ្ជូនសញ្ញាទៅប្រូតេអ៊ីនមួយទៀតបានយ៉ាងរហ័ស តាមរយៈផ្លូវកាត់ខ្លីៗ (Shortest path) ទោះបីជាពួកវាមិននៅជាប់គ្នាក៏ដោយ ដែលធ្វើឱ្យការបញ្ជូនព័ត៌មានក្នុងកោសិកាមានប្រសិទ្ធភាពខ្ពស់។ | ដូចជាទ្រឹស្តី 'មនុស្ស៦នាក់តភ្ជាប់គ្នា' ដែលអ្នកអាចស្គាល់មនុស្សណាម្នាក់លើពិភពលោកតាមរយៈការណែនាំពីមិត្តភក្តិតៗគ្នាមិនលើសពី ៦ ដង។ |
| NF-kappa B cascade (ខ្សែសង្វាក់ NF-kappa B) | ជាបណ្តាញសញ្ញាបញ្ជា (Signaling pathway) ដ៏សំខាន់នៅក្នុងកោសិកា ដែលគ្រប់គ្រងការបញ្ចេញហ្សែនពាក់ព័ន្ធនឹងការរលាក ការរស់រានរបស់កោសិកា និងការឆ្លើយតបរបស់ប្រព័ន្ធភាពស៊ាំ។ ការទប់ស្កាត់ដំណើរការនេះអាចជួយបន្ថយការរលាកបានយ៉ាងមានប្រសិទ្ធភាព។ | ដូចជាមេបញ្ជាការទ័ពដែលទទួលសញ្ញាអាសន្ន រួចបញ្ជាទៅកូនចៅឱ្យបញ្ចេញអាវុធ (សារធាតុបង្ករលាក) ដើម្បីវាយប្រហារសត្រូវ (មេរោគ ឬរបួស)។ |
| Macrophages (កោសិកាម៉ាក្រូហ្វាស) | ប្រភេទកោសិកាឈាមសដ៏សំខាន់នៃប្រព័ន្ធភាពស៊ាំ ដែលមានតួនាទីចាប់ស៊ីមេរោគ កោសិកាដែលងាប់ និងបញ្ចេញសារធាតុគីមីដើម្បីបង្កឱ្យមានដំណើរការរលាកនៅពេលមានរបួស ឬការឆ្លងមេរោគ។ | ដូចជាកងកម្លាំងល្បាតនិងអ្នកបោសសម្អាតទីក្រុង ដែលដើរប្រមាញ់ចោរ (មេរោគ) និងបោសសម្អាតកាកសំណល់ ព្រមទាំងហៅកម្លាំងជំនួយពេលមានអាសន្ន។ |
| Network topology (លក្ខណៈសណ្ឋានដីនៃបណ្តាញ) | ការសិក្សាពីទម្រង់រចនាសម្ព័ន្ធគណិតវិទ្យា និងការរៀបចំតភ្ជាប់គ្នានៃចំណុច (Nodes) នៅក្នុងបណ្តាញមួយ ដើម្បីស្វែងយល់ពីភាពស្មុគស្មាញ និងល្បឿននៃដំណើរការបញ្ជូនព័ត៌មានរបស់វា។ | ដូចជាការមើលផែនទីផ្លូវថ្នល់នៃទីក្រុងមួយ ដើម្បីដឹងថាផ្លូវណាជាផ្លូវធំ ផ្លូវណាជាផ្លូវខ្វែង និងតើចរាចរណ៍អាចធ្វើដំណើរបានលឿនកម្រិតណា។ |
| Gene Ontology (GO) enrichment (ការស្វែងរកសទ្ទានុក្រមហ្សែនលេចធ្លោ) | វិធីសាស្ត្រស្ថិតិដែលប្រើសម្រាប់កំណត់ថាតើក្រុមប្រូតេអ៊ីន ឬហ្សែនដែលរកឃើញនោះ មានមុខងារជីវសាស្ត្រណាមួយលេចធ្លោជាងគេឬទេ ដោយផ្អែកលើទិន្នន័យមុខងារហ្សែនដែលគេបានចងក្រងទុកជាស្តង់ដារអន្តរជាតិ។ | ដូចជាការស្កេនមើលបញ្ជីមុខរបររបស់អ្នករស់នៅក្នុងភូមិមួយ ប្រសិនបើភាគច្រើនជាអ្នកនេសាទ នោះយើងអាចសន្និដ្ឋានថាភូមិនេះពូកែខាងនេសាទត្រីជាងគេ។ |
អត្ថបទដែលបានបោះពុម្ពនៅលើ KhmerResearch ដែលទាក់ទងនឹងប្រធានបទនេះ៖
ប្រធានបទ និងសំណួរស្រាវជ្រាវដែលទាក់ទងនឹងឯកសារនេះ ដែលអ្នកអាចស្វែងរកបន្ថែម៖
