Original Title: Generation of Synthetic Peptide-Specific Antibody for the Development of A Southern Rice Black-Streaked Dwarf Virus Diagnostic Test
Source: doi.org/10.31817/vjas.2021.4.3.08
Disclaimer: Summary generated by AI based on the provided document. Please refer to the original paper for full scientific accuracy.

ការបង្កើតអង់ទីគ័រជាក់លាក់នឹងប៉ិបទីតសំយោគសម្រាប់ការអភិវឌ្ឍតេស្តរោគវិនិច្ឆ័យវីរុស Southern Rice Black-Streaked Dwarf Virus

ចំណងជើងដើម៖ Generation of Synthetic Peptide-Specific Antibody for the Development of A Southern Rice Black-Streaked Dwarf Virus Diagnostic Test

អ្នកនិពន្ធ៖ Do Thi Hanh (Faculty of Chemical Technology, Hanoi University of Industry), Nguyen Anh Minh (Department of Molecular Pathology, Agricultural Genetics Institute), Nguyen Van Cuu (Department of Molecular Pathology, Agricultural Genetics Institute), Phung Thi Thu Huong (Department of Molecular Pathology, Agricultural Genetics Institute), Pham Xuan Hoi (Department of Molecular Pathology, Agricultural Genetics Institute), Nguyen Duy Phuong (Department of Molecular Pathology, Agricultural Genetics Institute)

ឆ្នាំបោះពុម្ព៖ 2021 (Vietnam Journal of Agricultural Sciences)

វិស័យសិក្សា៖ Agricultural Biotechnology

១. សេចក្តីសង្ខេបប្រតិបត្តិ (Executive Summary)

បញ្ហា (The Problem)៖ វីរុស Southern rice black-streaked dwarf virus (SRBSDV) បង្កជំងឺធ្ងន់ធ្ងរលើដំណាំស្រូវ ខណៈវិធីសាស្ត្រធ្វើតេស្តបច្ចុប្បន្ន (RT-PCR) មានតម្លៃថ្លៃនិងស្មុគស្មាញ ដែលតម្រូវឱ្យមានការអភិវឌ្ឍតេស្តរហ័សដោយប្រើអង់ទីគ័រ។

វិធីសាស្ត្រ (The Methodology)៖ ការសិក្សានេះបានបង្កើត និងបន្សុទ្ធអង់ទីគ័រប្រឆាំងនឹងវីរុស SRBSDV ដោយប្រើប៉ិបទីតសំយោគតូចៗ (Synthetic peptides) ព្រមទាំងសាកល្បងប្រសិទ្ធភាពរបស់វាក្នុងការរកឃើញវីរុស។

លទ្ធផលសំខាន់ៗ (The Verdict)៖

២. ការវិភាគលើប្រសិទ្ធភាព និងដែនកំណត់ (Performance & Constraints)

វិធីសាស្ត្រ (Method) គុណសម្បត្តិ (Pros) គុណវិបត្តិ (Cons) លទ្ធផលគន្លឹះ (Key Result)
RT-PCR / Real-time RT-PCR
ការធ្វើតេស្តរោគវិនិច្ឆ័យតាមរយៈម៉ូលេគុល (RT-PCR)
មានភាពសុក្រឹតខ្ពស់បំផុត និងអាចរកឃើញចំនួនវីរុសបានលឿនតាំងពីដំណាក់កាលដំបូងនៃការឆ្លង។ ចំណាយថវិកាច្រើន ត្រូវការបរិក្ខារម៉ាស៊ីនថ្លៃៗ និងនីតិវិធីស្មុគស្មាញ ដែលពិបាកប្រើប្រាស់ក្នុងការធ្វើតេស្តទ្រង់ទ្រាយធំនៅទីវាល។ ត្រូវបានលើកឡើងថាជាវិធីសាស្ត្រស្តង់ដារ (Gold standard) សម្រាប់ការផ្ទៀងផ្ទាត់និងធ្វើរោគវិនិច្ឆ័យកម្រិតខ្ពស់។
ELISA with Recombinant full-length P10 protein
តេស្ត ELISA ដោយប្រើប្រូតេអ៊ីនរ៉េកំប៊ីណង់ P10 ពេញលេញ (ការសិក្សាមុន)
អាចចាប់យកអង់ទីហ្សែនរបស់វីរុសបាន និងចំណាយតិចជាង RT-PCR ។ កម្រិត Titer នៃអង់ទីគ័រនៅទាបនៅឡើយ (ត្រឹម 1:5,000) ដែលអាចធ្វើឱ្យភាពរហ័សនិងភាពរសើប (Sensitivity) នៅមានកម្រិត។ បង្កើតបានអង់ទីគ័រដែលមានកម្រិត Titer ត្រឹម 1:5,000 ប៉ុណ្ណោះ។
Dot-blot with Synthetic Peptide P10[15-31] Specific Antibody
តេស្ត Dot-blot ដោយប្រើអង់ទីគ័រផលិតពីប៉ិបទីតសំយោគ P10[15-31] (វិធីសាស្ត្រស្នើឡើង)
មានតម្លៃថោក ងាយស្រួលធ្វើ មិនប៉ះពាល់ដោយសារធាតុក្លរ៉ូហ្វីលក្នុងស្រូវ និងមានភាពជាក់លាក់ខ្ពស់ស័ក្តិសមក្នុងការអភិវឌ្ឍជា Rapid test kit។ ត្រូវការឆ្លងកាត់ដំណើរការចាក់ថ្នាំបង្ការលើសត្វកណ្តុរ និងការបន្សុទ្ធអង់ទីគ័រតាមប្រព័ន្ធ Chromatography ដែលទាមទារពេលវេលានិងជំនាញក្នុងមន្ទីរពិសោធន៍។ ទទួលបានអង់ទីគ័រ (IgG) ដែលមានកម្រិត Titer ខ្ពស់រហូតដល់ 1:100,000 និងអាចរកឃើញវីរុសយ៉ាងច្បាស់សូម្បីក្នុងសំណាកស្រូវមិនទាន់ចេញរោគសញ្ញា។

ការចំណាយលើធនធាន (Resource Cost)៖ ការសិក្សានេះទាមទារធនធានមន្ទីរពិសោធន៍កម្រិតមធ្យមទៅខ្ពស់ ជាពិសេសផ្នែកជីវវិទ្យាម៉ូលេគុល សត្វពិសោធន៍ និងការវិភាគជីវព័ត៌មានវិទ្យា។

៣. ការពិនិត្យសម្រាប់បរិបទកម្ពុជា/អាស៊ីអាគ្នេយ៍

ភាពលំអៀងនៃទិន្នន័យ (Data Bias)៖

ការសិក្សានេះត្រូវបានធ្វើឡើងនៅក្នុងប្រទេសវៀតណាម ដោយប្រើប្រាស់សេណេទិចនៃវីរុស SRBSDV ចំនួន 10 កំណាត់ដែលញែកចេញពីតំបន់ដាំស្រូវផ្សេងៗគ្នានៅទីនោះ។ ទោះបីជាវីរុសនេះមិនទាន់មានរបាយការណ៍ផ្ទុះឡើងខ្លាំងក្លានៅកម្ពុជាក្តី ប៉ុន្តែកម្ពុជាមានព្រំដែនជាប់វៀតណាម (ភាគខាងត្បូង) និងមានប្រព័ន្ធកសិកម្មស្រដៀងគ្នា ដែលធ្វើឱ្យហានិភ័យនៃការឆ្លងរាលដាលតាមរយៈសត្វល្អិតចង្រៃមានកម្រិតខ្ពស់ ដូច្នេះលទ្ធផលនេះពិតជាមានភាពពាក់ព័ន្ធ។

លទ្ធភាពនៃការអនុវត្ត (Applicability)៖

វិធីសាស្ត្រផលិតអង់ទីគ័រ និងការធ្វើតេស្តរោគវិនិច្ឆ័យនេះមានសក្តានុពលខ្លាំងក្នុងការយកមកអនុវត្តនៅប្រទេសកម្ពុជា ដើម្បីត្រៀមខ្លួនទប់ស្កាត់ជំងឺស្រូវ។

សរុបមក ការឈានទៅអភិវឌ្ឍឧបករណ៍តេស្តរោគវិនិច្ឆ័យរហ័ស (Rapid Test Kit) ដែលមានតម្លៃថោក និងងាយស្រួលប្រើប្រាស់ នឹងជួយពង្រឹងសមត្ថភាពឆ្លើយតបរបស់កម្ពុជាទៅនឹងការរាតត្បាតនៃជំងឺកសិកម្មឆ្លងដែនបានយ៉ាងមានប្រសិទ្ធភាព។

៤. ផែនការសកម្មភាពសម្រាប់និស្សិត (Actionable Roadmap)

ដើម្បីអនុវត្តតាមការសិក្សានេះ និស្សិតគួរអនុវត្តតាមជំហានខាងក្រោម៖

  1. សិក្សាពីមូលដ្ឋានជីវព័ត៌មានវិទ្យា (Bioinformatics & Epitope Prediction): ចាប់ផ្តើមរៀនប្រើប្រាស់កម្មវិធី BioEdit និងគេហទំព័រដូចជា IEDB (Immune Epitope Database)BepiPred-2.0 ដើម្បីចេះវិភាគរកតំបន់ Antigenic នៃប្រូតេអ៊ីនវីរុស (ឧ. P10) ដែលមានសក្តានុពលខ្ពស់ក្នុងការបង្កើតអង់ទីគ័រ។
  2. ការបណ្តុះបណ្តាលបច្ចេកទេសប្រូតេអ៊ីន (Protein Analytical Techniques): អនុវត្តផ្ទាល់នៅក្នុងមន្ទីរពិសោធន៍សាកលវិទ្យាល័យ លើបច្ចេកទេសជាមូលដ្ឋានដូចជាការទាញយកប្រូតេអ៊ីន, SDS-PAGE, Western blotting និងការធ្វើ Dot-blotting ដើម្បីស្ទាត់ជំនាញក្នុងការចាប់យកប្រូតេអ៊ីនគោលដៅ។
  3. ស្វែងយល់ពីនីតិវិធីនៃការចាក់ថ្នាំបង្ការលើសត្វ (Animal Immunization): សិក្សាពីក្រមសីលធម៌នៃការប្រើប្រាស់សត្វពិសោធន៍ (សត្វកណ្តុរ) និងរៀនពីរបៀបលាយ Synthetic Peptide ជាមួយនឹង KLH carrier protein និង Freund's Adjuvant ដើម្បីជំរុញប្រព័ន្ធភាពស៊ាំសត្វឱ្យបង្កើតអង់ទីគ័រ។
  4. អនុវត្តការធ្វើបរិសុទ្ធអង់ទីគ័រ (Antibody Purification): អនុវត្តការចម្រាញ់យក IgG antibody ចេញពីសេរ៉ូមឈាមសត្វកណ្តុរ ដោយប្រើប្រាស់ប្រព័ន្ធ Protein A-sepharose affinity chromatography ដើម្បីទទួលបានអង់ទីគ័រសុទ្ធដែលមានភាពជាក់លាក់ខ្ពស់។
  5. ការអភិវឌ្ឍឧបករណ៍តេស្តសាកល្បង (Rapid Kit Prototype Development): សហការជាមួយសាស្ត្រាចារ្យ ឬវិស័យឯកជន ដើម្បីបំប្លែងបច្ចេកទេស Dot-blot នេះទៅជាបន្ទះតេស្តរហ័ស (Lateral Flow Assay) ដែលអាចឱ្យកសិករ ឬមន្ត្រីកសិកម្មខេត្តប្រើប្រាស់បានដោយផ្ទាល់នៅតាមទីវាល។

៥. វាក្យសព្ទបច្ចេកទេស (Technical Glossary)

ពាក្យបច្ចេកទេស ការពន្យល់ជាខេមរភាសា (Khmer Explanation) និយមន័យសាមញ្ញ (Simple Definition)
Synthetic peptide (ប៉ិបទីតសំយោគ) ខ្សែសង្វាក់អាស៊ីតអាមីណូខ្លីៗដែលត្រូវបានបង្កើតឡើងនៅក្នុងមន្ទីរពិសោធន៍ (មិនមែនកើតឡើងដោយធម្មជាតិ) ដើម្បីត្រាប់តាមផ្នែកណាមួយនៃប្រូតេអ៊ីនរបស់វីរុស សម្រាប់ជំរុញប្រព័ន្ធភាពស៊ាំសត្វឱ្យបង្កើតអង់ទីគ័រ។ ដូចជាការយកបំណែកតូចមួយនៃរូបថតមុខសញ្ញាឧក្រិដ្ឋជន (ឧទាហរណ៍ ត្រឹមតែទម្រង់ភ្នែក) ទៅឱ្យប៉ូលីសចំណាំមុខ ដើម្បីងាយស្រួលតាមចាប់ខ្លួន។
Polyclonal antibody (អង់ទីគ័រ Polyclonal) ល្បាយនៃអង់ទីគ័រផ្សេងៗគ្នាដែលផលិតដោយកោសិកាភាពស៊ាំ (B cells) ជាច្រើនប្រភេទ ដោយពួកវាអាចចងភ្ជាប់ទៅនឹងផ្នែកផ្សេងៗគ្នា (Epitopes) នៃអង់ទីហ្សែនតែមួយ។ ដូចជាក្រុមអ្នកស៊ើបអង្កេតមួយក្រុមដែលម្នាក់ៗមានជំនាញសម្គាល់ភិនភាគឧក្រិដ្ឋជនតែមួយ តាមរយៈចំណុចផ្សេងៗគ្នា (ម្នាក់ចាំស្នាមសាក់ ម្នាក់ចាំទម្រង់មុខ)។
P10 envelope protein (ប្រូតេអ៊ីនស្រោម P10) ប្រូតេអ៊ីនរចនាសម្ព័ន្ធដែលបង្កើតជាសំបកខាងក្រៅនៃវីរុស SRBSDV ដែលដើរតួនាទីយ៉ាងសំខាន់ក្នុងការធ្វើអន្តរកម្មជាមួយភ្នាក់ងារចម្លង (សត្វមមាចខ្នងសរ) និងត្រូវបានគេប្រើជាគោលដៅក្នុងការធ្វើតេស្តរោគវិនិច្ឆ័យ។ ដូចជាអាវធំ ឬឯកសណ្ឋានខាងក្រៅរបស់វីរុស ដែលធ្វើឱ្យគេងាយស្រួលចំណាំ និងសម្គាល់វាបាន។
Epitope (អេពីតូប ឬកន្លែងកំណត់អង់ទីហ្សែន) តំបន់ជាក់លាក់មួយនៅលើផ្ទៃនៃអង់ទីហ្សែន (ដូចជាប្រូតេអ៊ីនវីរុស) ដែលអង់ទីគ័រអាចស្គាល់ និងចងភ្ជាប់ជាមួយបានយ៉ាងតឹងរ៉ឹងដើម្បីប្រឆាំងនឹងមេរោគ។ ដូចជាប្រហោងសោរ (Epitope) និងកូនសោរ (Antibody) ដែលតម្រូវឱ្យមានរាងស៊ីគ្នាទើបអាចចាក់ចូលគ្នាបាន។
Dot-blotting (បច្ចេកទេស Dot-blotting) វិធីសាស្ត្រជីវវិទ្យាម៉ូលេគុលសាមញ្ញមួយសម្រាប់រកមើលវត្តមានប្រូតេអ៊ីន ដោយទម្លាក់សំណាកផ្ទាល់ទៅលើបន្ទះ (PVDF membrane) រួចប្រើអង់ទីគ័រដើម្បីចាប់យកនិងបញ្ចេញពណ៌ប្រសិនបើមានប្រូតេអ៊ីនគោលដៅ។ ដូចជាការបន្តក់ទឹកថ្នាំសាកល្បងលើក្រដាស ប្រសិនបើក្រដាសនោះប្តូរពណ៌ មានន័យថាសារធាតុដែលយើងចង់រកគឺពិតជាមាននៅទីនោះមែន។
Affinity chromatography (ក្រូម៉ាតូក្រាហ្វីអាហ្វីនីធី) បច្ចេកទេសសម្រាប់បន្សុទ្ធសារធាតុជីវគីមី (ដូចជាអង់ទីគ័រ IgG) ដោយពឹងផ្អែកលើអន្តរកម្មនៃការចងភ្ជាប់យ៉ាងជាក់លាក់រវាងម៉ូលេគុលគោលដៅ និងសារធាតុដែលត្រូវបានភ្ជាប់នៅលើជួរឈរ (Column) បន្សុទ្ធ។ ដូចជាការប្រើមេដែកដើម្បីស្រូបទាញយកតែកម្ទេចដែកចេញពីគំនរខ្សាច់ ដោយទុកចោលនូវសារធាតុមិនត្រូវការផ្សេងៗទៀត។

៦. ប្រធានបទពាក់ព័ន្ធ (Further Reading)

អត្ថបទដែលបានបោះពុម្ពនៅលើ KhmerResearch ដែលទាក់ទងនឹងប្រធានបទនេះ៖

ប្រធានបទ និងសំណួរស្រាវជ្រាវដែលទាក់ទងនឹងឯកសារនេះ ដែលអ្នកអាចស្វែងរកបន្ថែម៖