Original Title: Sequence–related amplified polymorphism (SRAP) molecular marker: DNA fingerprinting studying on economic and agricultural earthworms in North of Thailand
Source: li01.tci-thaijo.org
Disclaimer: Summary generated by AI based on the provided document. Please refer to the original paper for full scientific accuracy.

សញ្ញាសម្គាល់ម៉ូលេគុលពហុសណ្ឋាននៃការពង្រីកទាក់ទងនឹងលំដាប់លំដោយ (SRAP)៖ ការសិក្សាស្វែងយល់ពីក្រយៅឌីអិនអេ (DNA) លើជន្លេនកសិកម្ម និងសេដ្ឋកិច្ចនៅភាគខាងជើងនៃប្រទេសថៃ

ចំណងជើងដើម៖ Sequence–related amplified polymorphism (SRAP) molecular marker: DNA fingerprinting studying on economic and agricultural earthworms in North of Thailand

អ្នកនិពន្ធ៖ R. Kraisittipanit (Faculty of Science, Chiang Mai University), A. Tancho (Earthworm Research and Development Center, Maejo University), P. Somniyam (Faculty of Agriculture, Uttaradit Rajabhat University), K. Inthanon (Faculty of Science and Technology, Thammasat University), S. Rotarayanoot (Faculty of Science, Chiang Mai University)

ឆ្នាំបោះពុម្ព៖ 2020, Thai Journal of Agricultural Science

វិស័យសិក្សា៖ Agricultural Genetics

១. សេចក្តីសង្ខេបប្រតិបត្តិ (Executive Summary)

បញ្ហា (The Problem)៖ ការសិក្សានេះដោះស្រាយបញ្ហានៃការភាន់ច្រឡំក្នុងការចាត់ថ្នាក់ និងកំណត់អត្តសញ្ញាណប្រភេទជន្លេនក្នុងស្រុកនិងពាណិជ្ជកម្ម ដោយសារតែភាពស្រដៀងគ្នានៃរូបរាងខាងក្រៅនៅតំបន់ភាគខាងជើងនៃប្រទេសថៃ។

វិធីសាស្ត្រ (The Methodology)៖ ការស្រាវជ្រាវនេះបានប្រើប្រាស់បច្ចេកទេសម៉ូលេគុលដើម្បីវិភាគទំនាក់ទំនងហ្សែនរបស់ជន្លេនដែលប្រមូលបានពីតំបន់កសិកម្ម និងកសិដ្ឋានពាណិជ្ជកម្ម។

លទ្ធផលសំខាន់ៗ (The Verdict)៖

២. ការវិភាគលើប្រសិទ្ធភាព និងដែនកំណត់ (Performance & Constraints)

វិធីសាស្ត្រ (Method) គុណសម្បត្តិ (Pros) គុណវិបត្តិ (Cons) លទ្ធផលគន្លឹះ (Key Result)
SRAP (Sequence-Related Amplified Polymorphism)
បច្ចេកទេសសញ្ញាសម្គាល់ម៉ូលេគុល SRAP
មានភាពត្រឹមត្រូវខ្ពស់ និងអាចបែងចែកជន្លេនពូជផ្សេងគ្នាដែលមានរូបរាងខាងក្រៅស្រដៀងគ្នាខ្លាំងបានយ៉ាងមានប្រសិទ្ធភាពដល់កម្រិតហ្សែន។ ទាមទារបរិក្ខារមន្ទីរពិសោធន៍ទំនើប ចំណាយថវិកាច្រើន និងត្រូវការអ្នកមានជំនាញផ្នែកម៉ូលេគុល។ បង្កើតបានបន្ទះពហុសណ្ឋានចំនួន ៣២១ អាចចាត់ថ្នាក់ជន្លេនជា ៧ ក្រុមដោយជោគជ័យ និងបញ្ជាក់ថា Perionyx excavatus និង Perionyx sp. 1 គឺជាប្រភេទតែមួយ។
Morphological Identification
ការកំណត់អត្តសញ្ញាណតាមរូបសាស្ត្រខាងក្រៅ
ងាយស្រួលអនុវត្ត ចំណាយតិចតួចបំផុត និងអាចធ្វើបានភ្លាមៗនៅនឹងកន្លែងសម្រាប់ជន្លេនដែលពេញវ័យ។ មិនអាចបែងចែកជន្លេនពូជខុសគ្នាដែលមានរូបរាងស្រដៀងគ្នាខ្លាំង (ឧ. Blue strain និង Ketare) ឬជន្លេនដែលមិនទាន់ពេញវ័យបានទេ។ អាចចាត់ថ្នាក់ជន្លេនបានត្រឹមក្រុមអំបូរធំៗចំនួន ២ តែបង្កការភាន់ច្រឡំក្នុងការបែងចែកប្រភេទលម្អិត។
RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA)
បច្ចេកទេសសញ្ញាសម្គាល់ម៉ូលេគុល RAPD
ងាយស្រួលក្នុងការអនុវត្ត និងត្រូវបានប្រើប្រាស់យ៉ាងទូលំទូលាយសម្រាប់ការសិក្សាពីហ្សែនកាលពីមុន។ ផ្តល់លទ្ធផលមិនសូវទៀងទាត់ និងមានភាពប្រែប្រួលខ្ពស់នៅពេលធ្វើការពិសោធន៍ដដែលឡើងវិញ។ មិនត្រូវបានវាស់វែងលម្អិតក្នុងការសិក្សានេះទេ (គ្រាន់តែលើកឡើងជាវិធីសាស្ត្រប្រៀបធៀប)។
AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism)
បច្ចេកទេសសញ្ញាសម្គាល់ម៉ូលេគុល AFLP
ផ្តល់លទ្ធផលមានភាពត្រឹមត្រូវខ្ពស់ និងអាចរកឃើញបម្រែបម្រួលហ្សែនបានច្រើន។ មានភាពស្មុគស្មាញខ្លាំងក្នុងការអនុវត្ត និងត្រូវការពេលវេលាច្រើន។ មិនត្រូវបានវាស់វែងលម្អិតក្នុងការសិក្សានេះទេ (គ្រាន់តែលើកឡើងជាវិធីសាស្ត្រប្រៀបធៀប)។

ការចំណាយលើធនធាន (Resource Cost)៖ ការស្រាវជ្រាវនេះទាមទារការរៀបចំបរិក្ខារមន្ទីរពិសោធន៍ជីវវិទ្យាម៉ូលេគុល (Molecular Biology Lab) ពេញលេញ ព្រមទាំងកម្មវិធីវិភាគទិន្នន័យជាក់លាក់។

៣. ការពិនិត្យសម្រាប់បរិបទកម្ពុជា/អាស៊ីអាគ្នេយ៍

ភាពលំអៀងនៃទិន្នន័យ (Data Bias)៖

ការសិក្សានេះប្រមូលទិន្នន័យពីកសិដ្ឋាន និងតំបន់កសិកម្មក្នុងខេត្តឈៀងម៉ៃនិងឡាំភូន ប្រទេសថៃ។ លទ្ធផលនេះមានភាពពាក់ព័ន្ធនិងមានសារៈសំខាន់ខ្លាំងសម្រាប់ប្រទេសកម្ពុជា ដោយសារប្រទេសទាំងពីរមានអាកាសធាតុ លក្ខខណ្ឌកសិកម្ម និងការនិយមចិញ្ចឹមពូជជន្លេនពាណិជ្ជកម្ម (ដូចជា Blue strain និង African night crawler) ស្រដៀងគ្នា។

លទ្ធភាពនៃការអនុវត្ត (Applicability)៖

បច្ចេកទេសបែងចែកអត្តសញ្ញាណជន្លេនដោយប្រើប្រាស់សញ្ញាសម្គាល់ម៉ូលេគុលនេះ មានសក្តានុពលខ្ពស់ក្នុងការយកមកអនុវត្តនៅកម្ពុជា។

ជាសរុប ការអនុវត្តបច្ចេកទេស SRAP នឹងជួយធ្វើស្តង់ដារនីយកម្មនៃការជួញដូរពូជជន្លេន និងពន្លឿនការផលិតជីកំប៉ុសសរីរាង្គនៅកម្ពុជាប្រកបដោយប្រសិទ្ធភាព។

៤. ផែនការសកម្មភាពសម្រាប់និស្សិត (Actionable Roadmap)

ដើម្បីអនុវត្តតាមការសិក្សានេះ និស្សិតគួរអនុវត្តតាមជំហានខាងក្រោម៖

  1. ការប្រមូលនិងរក្សាទុកសំណាក (Sample Collection & Preservation): ចុះប្រមូលជន្លេនពីកសិដ្ឋាន ឬតំបន់កសិកម្ម លាងសម្អាតឱ្យស្អាត ហើយត្រាំពួកវាក្នុងសូលុយស្យុងអេតាណុល ៣០% រួចរក្សាទុកក្នុងសូលុយស្យុងអេតាណុល ៩៥%។
  2. ការទាញយកនិងវាស់កំហាប់ ឌីអិនអេ (DNA Extraction): កាត់យកជាលិកាពីផ្នែក Clitellum នៃជន្លេន រួចប្រើប្រាស់ឈុត GF-1 tissue DNA extraction kit។ បន្ទាប់មក វាស់កំហាប់និងភាពបរិសុទ្ធនៃ DNA ដោយប្រើម៉ាស៊ីន Spectrophotometer ក្នុងកម្រិត 260/280 nm រួចលាយទឹកឱ្យរាវដល់កម្រិត 5.0 ng។
  3. ការពង្រីក ឌីអិនអេ ជាមួយបច្ចេកទេស PCR: លាយប្រតិកម្ម PCR ដោយប្រើគូប្រាយម័រ SRAP ចំនួន ១៣ និងបញ្ចូលទៅក្នុងម៉ាស៊ីន PCR thermal cycler ដោយកំណត់វដ្តកម្តៅ (Denaturation 94°C, Annealing 35°C-52°C, Extension 72°C)។
  4. ការញែកបន្ទះ ឌីអិនអេ តាមអគ្គិសនី (Gel Electrophoresis): លាយលទ្ធផល PCR ជាមួយថ្នាំពណ៌ Red-safe រួចយកទៅរត់លើបន្ទះជែល Agarose ១.៨% ក្នុងកម្រិតថាមពល 220V រយៈពេល ៧០ នាទី រួចថតរូបលទ្ធផលក្រោមពន្លឺ LED។
  5. ការវិភាគទិន្នន័យ និងសាងសង់មែកធាង (Data Analysis): កត់ត្រាលទ្ធផលបន្ទះ DNA ជាលេខ ១ (មាន) និង ០ (គ្មាន) រួចប្រើប្រាស់កម្មវិធី MEGA 7 និង PHYLIP ដើម្បីគណនាទំនាក់ទំនងហ្សែនតាមក្បួន UPGMA និងវាយតម្លៃភាពត្រឹមត្រូវដោយ Bootstrap 1,000 replicates រួចបង្ហាញមែកធាងជាមួយ TreeView

៥. វាក្យសព្ទបច្ចេកទេស (Technical Glossary)

ពាក្យបច្ចេកទេស ការពន្យល់ជាខេមរភាសា (Khmer Explanation) និយមន័យសាមញ្ញ (Simple Definition)
Sequence-related amplified polymorphism (SRAP) (បច្ចេកទេសពង្រីកពហុសណ្ឋានទាក់ទងនឹងលំដាប់លំដោយ) ជាបច្ចេកទេសសញ្ញាសម្គាល់ម៉ូលេគុលមួយប្រភេទដែលប្រើប្រាស់ប្រតិកម្ម PCR ដើម្បីពង្រីកផ្នែកខ្លះនៃហ្សែនគោលដៅ សម្រាប់វាស់វែងពីភាពខុសគ្នាឬបម្រែបម្រួលហ្សែនរវាងភាវរស់ផ្សេងៗគ្នា។ វាមានប្រសិទ្ធភាពខ្ពស់ក្នុងការស្វែងរកទំនាក់ទំនងហ្សែនក្នុងកម្រិតពូជនិងអម្បូរ។ ដូចជាការប្រើម៉ាស៊ីនស្កេនរកមើលចំណុចខុសគ្នាលម្អិតតូចៗបំផុតនៅលើសៀវភៅពីរគ្បាលដែលមើលពីសំបកក្រៅដូចគ្នាទាំងស្រុង។
DNA fingerprinting (ការវិភាគក្រយៅឌីអិនអេ) ជាដំណើរការនៃការកំណត់អត្តសញ្ញាណភាវរស់ណាមួយ ដោយផ្អែកលើលំនាំនៃទម្រង់ឌីអិនអេ (DNA) ពិសេសរៀងៗខ្លួនរបស់ពួកវា ដែលមិនអាចដូចគ្នាទាំងស្រុងឡើយ (លើកលែងតែកូនភ្លោះ)។ ក្នុងកសិកម្ម គេប្រើវាដើម្បីបញ្ជាក់ពូជសត្វឬរុក្ខជាតិឱ្យបានច្បាស់លាស់។ ដូចជាការផ្តិតក្រយៅដៃមនុស្សដើម្បីសម្គាល់អត្តសញ្ញាណបុគ្គលម្នាក់ៗដែរ គ្រាន់តែនេះជាការផ្តិតក្រយៅដៃរបស់កោសិកា។
UPGMA (ក្បួនដោះស្រាយយូភីជីអឹមអេ ឬ វិធីសាស្ត្រចាត់ក្រុមផ្អែកលើមធ្យមភាគនព្វន្ធ) ជាក្បួនដោះស្រាយគណិតវិទ្យាក្នុងកម្មវិធីកុំព្យូទ័រ ដែលប្រើសម្រាប់បង្កើតមែកធាងពូជអម្បូរ (Phylogenetic tree) ដោយវាគណនាមធ្យមភាគនៃចម្ងាយហ្សែនរវាងគូភាវរស់នីមួយៗ រួចចាត់ថ្នាក់ពួកវាជាក្រុមៗទៅតាមភាពជិតស្និទ្ធនៃហ្សែន។ ដូចជាការតម្រៀបសិស្សក្នុងថ្នាក់ជាក្រុមៗ ដោយផ្អែកលើពិន្ទុមធ្យមភាគប្រចាំខែដែលពួកគេទទួលបានប្រហាក់ប្រហែលគ្នា។
Bootstrap (ការវាយតម្លៃដោយ Bootstrap) ជាវិធីសាស្ត្រស្ថិតិដែលប្រើដើម្បីសាកល្បងភាពត្រឹមត្រូវនិងភាពរឹងមាំនៃមែកធាងពូជអម្បូរ (Phylogenetic tree) ដែលបានបង្កើត។ គេធ្វើការគណនាទិន្នន័យដដែលៗឡើងវិញជាច្រើនដង (ឧ. ១០០០ ដង) ដើម្បីមើលថាតើលទ្ធផលនៃការចាត់ក្រុមនៅតែរក្សាទម្រង់ដើមឬអត់ (បង្ហាញជាភាគរយ)។ ដូចជាការបោះកាក់រាប់ពាន់ដងដើម្បីបញ្ជាក់ឱ្យប្រាកដថា តើលទ្ធផលដែលទទួលបានកើតឡើងដោយភាពចៃដន្យ ឬជារឿងពិតប្រាកដ។
Polymorphic banding DNA (បន្ទះឌីអិនអេពហុសណ្ឋាន) ជាបន្ទះឌីអិនអេ (DNA bands) ដែលលេចឡើងក្នុងទីតាំងខុសៗគ្នានៅលើបន្ទះជែល (Gel) បន្ទាប់ពីការធ្វើអគ្គិសនីបញ្ជូនម៉ូលេគុល ដែលបង្ហាញពីភាពខុសគ្នានៃប្រវែង ឬទម្រង់ហ្សែនរបស់ភាវរស់ដែលកំពុងយកមកប្រៀបធៀប។ ដូចជាបាកូដ (Barcode) លើទំនិញនៅផ្សារទំនើប ដែលទំនិញខុសគ្នាមានគំនូសឆ្នូតខ្មៅៗនៅទីតាំងនិងទំហំខុសៗគ្នា។
Gel electrophoresis (ប្រព័ន្ធអគ្គិសនីបញ្ជូនម៉ូលេគុលលើជែល) ជាបច្ចេកទេសមន្ទីរពិសោធន៍ដែលប្រើចរន្តអគ្គិសនីដើម្បីរុញច្រាននិងបំបែកម៉ូលេគុល ឌីអិនអេ (DNA) ឱ្យរត់កាត់បន្ទះជែល (Agarose)។ ម៉ូលេគុលដែលមានទំហំតូចនឹងរត់បានលឿននិងឆ្ងាយជាងម៉ូលេគុលធំ ដែលបង្កើតបានជាគំនូសបន្ទះសម្រាប់កំណត់ទំហំ។ ដូចជាការឱ្យក្មេងៗនិងមនុស្សចាស់រត់ប្រណាំងកាត់ព្រៃក្រាស់ ក្មេងតូចៗនឹងអាចរត់លួចចូលតាមប្រឡោះតូចៗបានលឿននិងទៅដល់មុនគេ។
PCR reaction (ប្រតិកម្មខ្សែសង្វាក់ប៉ូលីមេរ៉ាស) ជាបច្ចេកទេសសម្រាប់បង្កើនចំនួន ឬចម្លងបំណែក ឌីអិនអេ (DNA) ដែលគេចង់សិក្សាពីមួយទៅរាប់លានច្បាប់ចម្លង ក្នុងរយៈពេលដ៏ខ្លី ដោយប្រើប្រាស់វដ្តកម្ដៅ (កម្ដៅ និងការធ្វើឱ្យត្រជាក់ឆ្លាស់គ្នា) ដើម្បីងាយស្រួលក្នុងការមើលឃើញ និងវិភាគបន្ត។ ដូចជាម៉ាស៊ីនកូពី (Photocopy) ដ៏មានឥទ្ធិពលមួយ ដែលអាចចម្លងទំព័រសៀវភៅមួយសន្លឹកទៅជារាប់លានសន្លឹកក្នុងពេលមួយប៉ព្រិចភ្នែក។

៦. ប្រធានបទពាក់ព័ន្ធ (Further Reading)

អត្ថបទដែលបានបោះពុម្ពនៅលើ KhmerResearch ដែលទាក់ទងនឹងប្រធានបទនេះ៖

ប្រធានបទ និងសំណួរស្រាវជ្រាវដែលទាក់ទងនឹងឯកសារនេះ ដែលអ្នកអាចស្វែងរកបន្ថែម៖