Original Title: 18S rRNA, a potential reference gene in the qRT-PCR measurement of bisphenol A contamination in green mussels (Perna viridis) collected from the Gulf of Thailand
Source: doi.org/10.34044/j.anres.2019.53.6.13
Disclaimer: Summary generated by AI based on the provided document. Please refer to the original paper for full scientific accuracy.

18S rRNA ជាហ្សែនយោងដ៏មានសក្តានុពលសម្រាប់ការវាស់វែងតាមរយៈ qRT-PCR លើការបំពុលសារធាតុ Bisphenol A ក្នុងគ្រំបៃតង (Perna viridis) ដែលប្រមូលបានពីឈូងសមុទ្រថៃ

ចំណងជើងដើម៖ 18S rRNA, a potential reference gene in the qRT-PCR measurement of bisphenol A contamination in green mussels (Perna viridis) collected from the Gulf of Thailand

អ្នកនិពន្ធ៖ Chuta Boonphakdee (Graduate Program in Environmental Science, Faculty of Science, Burapha University), Yhardpeth Ocharoen (Graduate Program in Environmental Science, Faculty of Science, Burapha University), Andrew P. Shinn (Fish Vet Group Asia Limited), Santi Suanla (Department of Biology, Faculty of Science, Burapha University), Jeeranan Thamnawasolos (Department of Biology, Faculty of Science, Burapha University)

ឆ្នាំបោះពុម្ព៖ 2019, Agriculture and Natural Resources

វិស័យសិក្សា៖ Environmental Toxicology

១. សេចក្តីសង្ខេបប្រតិបត្តិ (Executive Summary)

បញ្ហា (The Problem)៖ ឯកសារនេះដោះស្រាយលើបញ្ហានៃការជ្រើសរើសហ្សែនយោង (reference genes) ដ៏ស័ក្តិសមដើម្បីធានាបាននូវភាពត្រឹមត្រូវក្នុងការវាស់វែងកម្រិតហ្សែន cyp4 mRNA នៅក្នុងគ្រំបៃតង (Perna viridis) សម្រាប់ការតាមដានការបំពុលសារធាតុ Bisphenol A (BPA) កម្រិតទាបក្នុងបរិស្ថាន។

វិធីសាស្ត្រ (The Methodology)៖ ការសិក្សានេះបានប្រើប្រាស់វិធីសាស្ត្រវិភាគស្ថិតិចំនួនបីដើម្បីវាយតម្លៃស្ថិរភាពនៃបេក្ខភាពហ្សែនយោងនៅក្រោមលក្ខខណ្ឌខុសៗគ្នានៃអាយុកាល ភេទ និងការប៉ះពាល់សារធាតុពុល។

លទ្ធផលសំខាន់ៗ (The Verdict)៖

២. ការវិភាគលើប្រសិទ្ធភាព និងដែនកំណត់ (Performance & Constraints)

វិធីសាស្ត្រ (Method) គុណសម្បត្តិ (Pros) គុណវិបត្តិ (Cons) លទ្ធផលគន្លឹះ (Key Result)
18S rRNA Normalization
ការធ្វើប្រក្រតីកម្មដោយប្រើហ្សែន 18S rRNA
មានស្ថិរភាពខ្ពស់បំផុតនៅពេលមានការប៉ះពាល់នឹងសារធាតុពុល BPA។ អាចបង្ហាញពីការថយចុះយ៉ាងច្បាស់លាស់នៃការបញ្ចេញហ្សែនគោលដៅ cyp4 បានយ៉ាងត្រឹមត្រូវ។ ទាមទារការផ្ទៀងផ្ទាត់បន្ថែមប្រសិនបើត្រូវយកទៅប្រើលើប្រភេទសត្វផ្សេង ឬប្រភេទសារធាតុបំពុលផ្សេងទៀតក្រៅពី BPA។ ជាហ្សែនយោងដ៏ល្អបំផុតសម្រាប់ការតាមដានការបំពុល BPA ដោយផ្តល់តម្លៃ Standard Deviation (SD) ទាបបំផុត (0.181 គណនាដោយ NormFinder)។
28S rRNA Normalization
ការធ្វើប្រក្រតីកម្មដោយប្រើហ្សែន 28S rRNA
មានកម្រិតនៃការបញ្ចេញខ្ពស់ និងមានស្ថិរភាពល្អបំផុតនៅពេលពិនិត្យតែលើកត្តាអាយុកាលនិងភេទរបស់គ្រំ។ មិនសូវមានប្រសិទ្ធភាពក្នុងការបង្ហាញពីការប្រែប្រួលនៃហ្សែន cyp4 នៅពេលគ្រំប៉ះពាល់នឹងសារធាតុ BPA នោះទេ។ ជាប់ចំណាត់ថ្នាក់លេខ១ ផ្នែកស្ថិរភាពលើកត្តាអាយុនិងភេទ ប៉ុន្តែធ្លាក់មកលេខ២ លើកត្តាប៉ះពាល់នឹង BPA។
β-actin Normalization
ការធ្វើប្រក្រតីកម្មដោយប្រើហ្សែន β-actin
ជាហ្សែនយោងទូទៅដែលគេធ្លាប់ប្រើប្រាស់ជាញឹកញាប់ក្នុងការសិក្សាចាស់ៗជាច្រើន។ មានកម្រិតនៃការបញ្ចេញទាប (តម្លៃ Ct ខ្ពស់) និងមានស្ថិរភាពខ្សោយបំផុតក្នុងចំណោមហ្សែនទាំង៣ ក្រោមលក្ខខណ្ឌពិសោធន៍នេះ។ ជាហ្សែនដែលមិនសូវមានស្ថិរភាព (Least stable) ដោយមានតម្លៃប្រែប្រួល SD ខ្ពស់ជាងគេ (0.198 សម្រាប់ BPA)។

ការចំណាយលើធនធាន (Resource Cost)៖ ការសិក្សានេះទាមទារឧបករណ៍មន្ទីរពិសោធន៍ជីវសាស្ត្រម៉ូលេគុលកម្រិតខ្ពស់ សារធាតុគីមីសម្រាប់ស្រង់ RNA និងកម្មវិធីកុំព្យូទ័រសម្រាប់វិភាគទិន្នន័យ។

៣. ការពិនិត្យសម្រាប់បរិបទកម្ពុជា/អាស៊ីអាគ្នេយ៍

ភាពលំអៀងនៃទិន្នន័យ (Data Bias)៖

ការសិក្សានេះត្រូវបានធ្វើឡើងដោយប្រើប្រាស់ប្រភេទគ្រំបៃតង (Perna viridis) ដែលប្រមូលបានពីខេត្តត្រាត ឈូងសមុទ្រថៃ។ លក្ខខណ្ឌនេះមានសារៈសំខាន់ និងទាក់ទងយ៉ាងខ្លាំងសម្រាប់ប្រទេសកម្ពុជា ព្រោះកម្ពុជាមានឆ្នេរសមុទ្រជាប់ឈូងសមុទ្រថៃដែលមានប្រព័ន្ធអេកូឡូស៊ី សីតុណ្ហភាពទឹក និងប្រភេទវារីជាតិស្រដៀងគ្នា ដែលធ្វើឱ្យលទ្ធផលនេះអាចយកមកអនុវត្តដោយផ្ទាល់បាន។

លទ្ធភាពនៃការអនុវត្ត (Applicability)៖

វិធីសាស្ត្រតាមដានជីវសាស្ត្រ (Biomonitoring) តាមកម្រិតម៉ូលេគុលនេះ គឺមានអត្ថប្រយោជន៍ខ្ពស់សម្រាប់ការគ្រប់គ្រងបរិស្ថាន និងសុវត្ថិភាពចំណីអាហារនៅកម្ពុជា។

សរុបមក ការស្វែងរកហ្សែនយោងដ៏ត្រឹមត្រូវ ជួយកាត់បន្ថយចំណាយលើការវិភាគ និងបង្កើនភាពជឿជាក់នៃទិន្នន័យសម្រាប់ការវាយតម្លៃហានិភ័យបរិស្ថាននៅតំបន់ឆ្នេរកម្ពុជា។

៤. ផែនការសកម្មភាពសម្រាប់និស្សិត (Actionable Roadmap)

ដើម្បីអនុវត្តតាមការសិក្សានេះ និស្សិតគួរអនុវត្តតាមជំហានខាងក្រោម៖

  1. សិក្សាមូលដ្ឋានគ្រឹះនៃម៉ូលេគុលជីវសាស្ត្រ: និស្សិតត្រូវស្វែងយល់ស៊ីជម្រៅអំពីបច្ចេកទេសវាស់វែងហ្សែន ជាពិសេសដំណើរការ qRT-PCR និងការប្រើប្រាស់ SYBR Green សម្រាប់ការតាមដានបរិមាណ mRNA
  2. អនុវត្តការស្រង់ និងរក្សាទុក RNA ពីជាលិកាសត្វ: រៀនពីរបៀបចម្រាញ់ Total RNA ពីសរីរាង្គគ្រំ (ឧ. ក្រពេញរំលាយអាហារ) ដោយប្រើប្រាស់ TRIzol reagent និងការបំប្លែងទៅជា cDNA ឱ្យបានត្រឹមត្រូវនិងគ្មានការចម្លងរោគ (Contamination)។
  3. រចនាទីតាំង mồi (Primer Design) សម្រាប់ការវិភាគ: ប្រើប្រាស់ឧបករណ៍អនឡាញដូចជា Primer3 និងប្រព័ន្ធទិន្នន័យ GenBank BLAST ដើម្បីរចនានិងផ្ទៀងផ្ទាត់ស퀀ង់នៃកូដហ្សែនពិតប្រាកដមុននឹងចាប់ផ្តើមប្រតិកម្ម PCR
  4. អនុវត្តកម្មវិធីវិភាគស្ថិតិដើម្បីវាយតម្លៃហ្សែនយោង: ហ្វឹកហាត់ប្រើប្រាស់កម្មវិធី NormFinder និង BestKeeper ដើម្បីគណនាតម្លៃស្ថិរភាព និងរកមើលហ្សែនណាដែលមានកម្រិតប្រែប្រួលទាបបំផុតសម្រាប់ប្រើជា Internal Control
  5. រៀបចំគម្រោងតាមដានកម្រិតពុលជាក់ស្តែង: ប្រមូលសំណាកគ្រំបៃតងនៅតាមកសិដ្ឋានក្នុងខេត្តកំពត ឬកែប ហើយរៀបចំការពិសោធន៍ចាក់បញ្ចូលសារធាតុបំពុល ដើម្បីវាយតម្លៃការបញ្ចេញហ្សែន cyp4 ដោយប្រើ 18S rRNA ជាហ្សែនយោងសម្រាប់ទាញយកលទ្ធផលផ្ទៀងផ្ទាត់។

៥. វាក្យសព្ទបច្ចេកទេស (Technical Glossary)

ពាក្យបច្ចេកទេស ការពន្យល់ជាខេមរភាសា (Khmer Explanation) និយមន័យសាមញ្ញ (Simple Definition)
Quantitative real-time polymerase chain reaction / qRT-PCR (ប្រព័ន្ធប្រតិកម្មច្រវ៉ាក់កាលីម៉េរ៉ាសពិតប្រាកដ) បច្ចេកទេសមន្ទីរពិសោធន៍ដែលត្រូវបានប្រើប្រាស់ដើម្បីពង្រីក និងវាស់វែងបរិមាណជាក់លាក់នៃ RNA (តំណាងឱ្យកម្រិតនៃការបញ្ចេញហ្សែន) នៅក្នុងកោសិការបស់សត្វឬរុក្ខជាតិក្នុងពេលវេលាជាក់ស្តែង ខណៈពេលដែលប្រតិកម្មគីមីកំពុងដំណើរការ។ ដូចជាម៉ាស៊ីនរាប់ចំនួនសៀវភៅដែលកំពុងត្រូវបានបោះពុម្ពចេញពីរោងពុម្ពភ្លាមៗ ដើម្បីដឹងថាសៀវភៅប្រភេទណាត្រូវបានគេបោះពុម្ពច្រើនជាងគេនៅពេលនោះ។
Housekeeping genes (ហ្សែនរក្សាផ្ទៃក្នុង ឬហ្សែនយោង) ហ្សែនទាំងឡាយណាដែលមានកាតព្វកិច្ចទ្រទ្រង់មុខងារមូលដ្ឋានរបស់កោសិកា ដែលតែងតែត្រូវបានបញ្ចេញក្នុងកម្រិតថេរជានិច្ច ទោះបីជាសរីរាង្គនោះស្ថិតក្នុងស្ថានភាព ឬបរិស្ថានប្រែប្រួលបែបណាក៏ដោយ។ គេប្រើវាជាខ្នាតស្តង់ដារសម្រាប់វាស់វែងហ្សែនផ្សេងទៀត។ ដូចជានាឡិកាដើរម៉ោងធម្មតា ដែលយើងជឿជាក់និងប្រើជាគោល ដើម្បីផ្ទៀងផ្ទាត់ថាតើនាឡិកាផ្សេងទៀតដើរលឿន ឬដើរយឺត។
Normalization (ការធ្វើប្រក្រតីកម្ម) ដំណើរការវិភាគស្ថិតិក្នុងការកែតម្រូវទិន្នន័យ ដើម្បីលុបបំបាត់កំហុសឆ្គងដែលបណ្តាលមកពីភាពខុសគ្នានៃបរិមាណគំរូដើម ឬប្រសិទ្ធភាពនៃប្រតិកម្ម ដោយប្រៀបធៀបវាទៅនឹងតម្លៃនៃហ្សែនយោងដែលមានស្ថិរភាព។ ដូចជាការគិតលុយទៅជារូបិយប័ណ្ណតែមួយ (ឧទាហរណ៍៖ ប្តូរទៅជាដុល្លារទាំងអស់) ដើម្បីងាយស្រួលប្រៀបធៀបតម្លៃទំនិញដែលបានទិញពីប្រទេសផ្សេងៗគ្នា។
Bisphenol A / BPA (សារធាតុគីមី ប៊ីសហ្វេណុល អេ) សារធាតុគីមីឧស្សាហកម្មដែលគេប្រើប្រាស់យ៉ាងទូលំទូលាយក្នុងការផលិតប្លាស្ទិក (Polycarbonate) ដែលមានលក្ខណៈសម្បត្តិអាចរំខានដល់ប្រព័ន្ធអ័រម៉ូន (Endocrine disruptor) របស់សត្វនិងមនុស្សនៅពេលវាលេចធ្លាយចូលក្នុងបរិស្ថាន។ ដូចជាសោរចម្លងមួយដែលស្រដៀងនឹងសោរស៊ីន (អ័រម៉ូនធម្មជាតិ) ដែលអាចចាក់ចូលក្នុងមេសោររបស់កោសិកា ហើយបញ្ឆោតឱ្យសរីរាង្គដំណើរការខុសប្រក្រតី។
Cytochrome P450 4 / cyp4 (ហ្សែន ឬអង់ស៊ីមសាយតូក្រូម P450 4) ហ្សែនដែលផលិតអង់ស៊ីមទទួលខុសត្រូវក្នុងការបំប្លែង និងបន្សាបសារធាតុពុល ឬសារធាតុគីមីចម្លែកៗ (Xenobiotics) នៅក្នុងសរីរាង្គ។ កម្រិតនៃការបញ្ចេញហ្សែននេះ ត្រូវបានគេប្រើជាសូចនាករជីវសាស្ត្រ (Biomarker) ដើម្បីតាមដានការប៉ះពាល់សារធាតុពុល។ ដូចជាកម្មកររោងចក្រចម្រោះទឹកស្អាត ដែលនឹងប្រឹងប្រែងធ្វើការកាន់តែខ្លាំង ឬប្តូរវេនគ្នាច្រើនឡើង នៅពេលមានកាកសំណល់កខ្វក់ហូរចូលរោងចក្រច្រើន។
Cycle threshold / Ct (តម្លៃវដ្តកម្រិតកំណត់) ចំនួនវដ្តនៃប្រតិកម្ម PCR ដែលទាមទារដើម្បីឱ្យសញ្ញាពន្លឺ (Fluorescence) នៃហ្សែនដែលត្រូវបានថតចម្លង កើនឡើងដល់កម្រិតមួយដែលអាចកត់សម្គាល់បានយ៉ាងច្បាស់។ តម្លៃ Ct កាន់តែទាប មានន័យថាបរិមាណហ្សែនដើមមានកាន់តែច្រើន។ ដូចជាចំនួនដងនៃការចាក់ទឹកចូលក្នុងធុងទម្រាំតែទឹកហូរហៀរចេញមកក្រៅ; បើធុងមានទឹកខ្លះពីដើមស្រាប់ យើងនឹងចាក់ថែមតែប៉ុន្មានដងទៀតទឹកនឹងហៀរ (Ct ទាប)។
Complementary DNA / cDNA (ឌីអិនអេបំពេញ) សរសៃ DNA ដែលត្រូវបានសំយោគត្រឡប់ (Reverse transcribed) ពីសរសៃ RNA ចម្លង ដើម្បីផ្តល់ស្ថិរភាពខ្ពស់ក្នុងការយកទៅវិភាគបន្តក្នុងម៉ាស៊ីន PCR ព្រោះ RNA ធម្មតាងាយនឹងខូចរលាយ។ ដូចជាការថតចម្លងឯកសារចាស់ដែលងាយរហែក (RNA) ទៅលើក្រដាសកាតុងរឹងថ្មីមួយ (cDNA) ដើម្បីងាយស្រួលរក្សាទុកនិងយកទៅស្រាវជ្រាវបន្តដោយមិនខ្លាចខូច។

៦. ប្រធានបទពាក់ព័ន្ធ (Further Reading)

អត្ថបទដែលបានបោះពុម្ពនៅលើ KhmerResearch ដែលទាក់ទងនឹងប្រធានបទនេះ៖

ប្រធានបទ និងសំណួរស្រាវជ្រាវដែលទាក់ទងនឹងឯកសារនេះ ដែលអ្នកអាចស្វែងរកបន្ថែម៖