Original Title: Molecular Characterization of Haemonchus contortus (Nematoda: Trichostrongylidae) from Small Ruminants in Thailand Based on the Second Internal Transcribed Spacer of Ribosomal DNA
Source: li01.tci-thaijo.org
Disclaimer: Summary generated by AI based on the provided document. Please refer to the original paper for full scientific accuracy.

ការកំណត់លក្ខណៈម៉ូលេគុលនៃពពួកព្រូន Haemonchus contortus (Nematoda: Trichostrongylidae) ពីសត្វទំពារអៀងតូចៗនៅប្រទេសថៃ ដោយផ្អែកលើការចម្លងលំហទទេខាងក្នុងទីពីរនៃ Ribosomal DNA

ចំណងជើងដើម៖ Molecular Characterization of Haemonchus contortus (Nematoda: Trichostrongylidae) from Small Ruminants in Thailand Based on the Second Internal Transcribed Spacer of Ribosomal DNA

អ្នកនិពន្ធ៖ Bandid Mangkit (Kasetsart University), Urusa Thaenkham (Mahidol University), Poom Adisakwattana (Mahidol University), Dorn Watthanakulpanich (Mahidol University), Chatchawan Jantasuriyarat (Kasetsart University), Chalit Komalamisra (Mahidol University)

ឆ្នាំបោះពុម្ព៖ 2014, Agriculture and Natural Resources

វិស័យសិក្សា៖ Parasitology / Genetics

១. សេចក្តីសង្ខេបប្រតិបត្តិ (Executive Summary)

បញ្ហា (The Problem)៖ ឯកសារនេះផ្តោតលើការសិក្សាពីភាពចម្រុះនៃពន្ធុវិទ្យារបស់ពពួកព្រូនក្រពះ Haemonchus contortus ដែលបង្កជំងឺលើសត្វពាហនៈ (សត្វទំពារអៀងតូចៗ) នៅប្រទេសថៃ ដើម្បីកែលម្អយុទ្ធសាស្ត្រគ្រប់គ្រងកសិដ្ឋាន និងប្រសិទ្ធភាពនៃការប្រើប្រាស់ថ្នាំទម្លាក់ព្រូន។

វិធីសាស្ត្រ (The Methodology)៖ ការសិក្សានេះបានអនុវត្តបច្ចេកទេសជីវវិទ្យាម៉ូលេគុល ដោយប្រើប្រាស់ការស្រង់ DNA និងការបំបែកតំណលំដាប់ហ្សែន ITS2 ដើម្បីប្រៀបធៀបជាមួយទិន្នន័យអន្តរជាតិ។

  • ការប្រមូលគំរូ និងការកំណត់អត្តសញ្ញាណព្រូន (Sample collection and identification)
  • ការស្រង់សេណូមិក ឌីអិនអេ (Genomic DNA isolation)
  • ការវិភាគតំណលំដាប់ចន្លោះចម្លងខាងក្នុងទីពីរដោយម៉ាស៊ីន PCR (ITS2 sequence amplification by PCR)
  • ការវិភាគទិន្នន័យនិងការធ្វើចំណាត់ថ្នាក់ប្រវត្តិពូជសាសន៍ (Data and phylogenetic analysis using UPGMA)

លទ្ធផលសំខាន់ៗ (The Verdict)៖

  • បានរកឃើញសែនទីបចំនួន ២១ (G1–G21) ពីព្រូនចំនួន ១៥៨ ក្បាល ដែលប្រមូលបានពីខេត្តចំនួន ១១ ក្នុងប្រទេសថៃ ដែលក្នុងនោះសែនទីប G1 និង G2 មានវត្តមានច្រើនជាងគេ។
  • លទ្ធផលបង្ហាញថាភាពចម្រុះនៃសែនទីបមានកម្រិតខ្ពស់ ដោយមានទីតាំងប្រែប្រួលប៉ូលីម័រហ្វីក (Polymorphic sites) ចំនួន ១២ លើប្រវែង ២៣១ bp នៃការបំបែកតំណលំដាប់។
  • អត្តសញ្ញាណតំណលំដាប់ (Sequence identity) នៃ H. contortus នៅប្រទេសថៃមាន ៩៨,៤% ហើយការវិភាគប្រវត្តិពូជសាសន៍បង្ហាញថាពួកវាត្រូវបានបែងចែកជាពីរក្រុមធំដាច់ដោយឡែកពីគ្នា ដែលមានទំនាក់ទំនងយ៉ាងជិតស្និទ្ធជាមួយទិន្នន័យសកល។

២. ការវិភាគលើប្រសិទ្ធភាព និងដែនកំណត់ (Performance & Constraints)

វិធីសាស្ត្រ (Method) គុណសម្បត្តិ (Pros) គុណវិបត្តិ (Cons) លទ្ធផលគន្លឹះ (Key Result)
ITS2 rDNA Sequencing (Molecular Characterization)
ការវិភាគតំណលំដាប់ ITS2 rDNA (ការកំណត់លក្ខណៈម៉ូលេគុល)		 ផ្តល់ភាពច្បាស់លាស់ខ្ពស់បំផុតក្នុងការកំណត់អត្តសញ្ញាណប្រភេទព្រូន និងអាចរកឃើញភាពចម្រុះនៃសែនទីប (Genotypes) ទោះបីជាមានបម្រែបម្រួលហ្សែនតិចតួចក៏ដោយ។ វាមានប្រយោជន៍សម្រាប់ការសិក្សាពីប្រវត្តិពូជសាសន៍ (Phylogenetics)។ ទាមទារការចំណាយខ្ពស់ ឧបករណ៍មន្ទីរពិសោធន៍ទំនើប (ម៉ាស៊ីន PCR, Sequencer) និងទាមទារអ្នកមានជំនាញច្បាស់លាស់ផ្នែកជីវពត៌មានវិទ្យា។ បានរកឃើញសែនទីបចំនួន ២១ ផ្សេងៗគ្នា ពីគំរូចំនួន ១៥៨ ដែលបង្ហាញពីអត្តសញ្ញាណតំណលំដាប់ហ្សែនរួម ៩៨,៤% នៅក្នុងប្រទេសថៃ។
Morphological Identification (Spicule measurement)
ការកំណត់អត្តសញ្ញាណតាមរូបរាងសាស្រ្ត (ការវាស់វែងស្ពៃគីលរបស់ព្រូនឈ្មោល)		 ចំណាយតិច ងាយស្រួល និងអាចអនុវត្តបានលឿននៅតាមទីវាល ឬគ្លីនិកបសុពេទ្យមូលដ្ឋានដែលមានត្រឹមកែវពង្រីកធម្មតា។ មានភាពលំបាកក្នុងការបែងចែកប្រភេទព្រូនដែលមានរូបរាងស្រដៀងគ្នាខ្លាំង (Cryptic species) ដូចជា H. contortus និង H. placei ហើយមិនអាចប្រាប់ពីភាពខុសគ្នានៃហ្សែនបានឡើយ។ ត្រូវបានប្រើប្រាស់ជាជំហានដំបូង និងអាចផ្ទៀងផ្ទាត់ប្រភេទព្រូនបានមុននឹងឈានទៅដល់ដំណាក់កាលស្រង់ DNA។

ការចំណាយលើធនធាន (Resource Cost)៖ ការសិក្សានេះទាមទារការប្រើប្រាស់ឧបករណ៍មន្ទីរពិសោធន៍ជីវវិទ្យាម៉ូលេគុលកម្រិតខ្ពស់ សារធាតុគីមីសម្រាប់ចម្រាញ់ DNA និងកម្មវិធីកុំព្យូទ័រឯកទេសសម្រាប់វិភាគទិន្នន័យជីវពន្ធុវិទ្យា។

៣. ការពិនិត្យសម្រាប់បរិបទកម្ពុជា/អាស៊ីអាគ្នេយ៍

ភាពលំអៀងនៃទិន្នន័យ (Data Bias)៖

ការសិក្សានេះត្រូវបានធ្វើឡើងដោយប្រមូលគំរូព្រូនពីសត្វពពែនិងចៀមចំនួន ១០០ ក្បាល ក្នុងខេត្តចំនួន ១១ នៃប្រទេសថៃ រួមមានតំបន់ព្រំដែនជាប់កម្ពុជាផងដែរ។ ទិន្នន័យនេះមានសារៈសំខាន់ខ្លាំងសម្រាប់កម្ពុជា ដោយសារកម្ពុជាមានការនាំចូលសត្វពាហនៈរស់ពីប្រទេសថៃ មានលក្ខខណ្ឌអាកាសធាតុស្រដៀងគ្នា និងប្រព័ន្ធចិញ្ចឹមសត្វប្រហាក់ប្រហែលគ្នា ដែលអាចនាំឱ្យមានការសាយភាយព្រូនសែនទីបដូចគ្នាមកកម្ពុជា។

លទ្ធភាពនៃការអនុវត្ត (Applicability)៖

វិធីសាស្ត្រនិងរបកគំហើញនៃការសិក្សានេះ មានប្រយោជន៍ជាខ្លាំងសម្រាប់ការស្រាវជ្រាវ និងគ្រប់គ្រងជំងឺប៉ារ៉ាស៊ីតសត្វនៅក្នុងប្រទេសកម្ពុជា។

  • ការគ្រប់គ្រងជំងឺសត្វឆ្លងដែននៅខេត្តជាប់ព្រំដែនកម្ពុជា-ថៃ: មន្ទីរកសិកម្មខេត្តបាត់ដំបង បន្ទាយមានជ័យ និងប៉ៃលិន អាចប្រើប្រាស់ព័ត៌មាននេះដើម្បីតាមដានហានិភ័យនៃការនាំចូលសត្វដែលមានផ្ទុកពូជព្រូនស៊ាំនឹងថ្នាំ (Drug-resistant strains) ពីប្រទេសថៃ។
  • សាកលវិទ្យាល័យភូមិន្ទកសិកម្ម (RUA) និងវិទ្យាស្ថានស្រាវជ្រាវ: អ្នកស្រាវជ្រាវអាចយកបច្ចេកទេសបំបែកហ្សែន ITS2 នេះទៅអនុវត្តដើម្បីបង្កើតមូលដ្ឋានទិន្នន័យពន្ធុវិទ្យារបស់ប៉ារ៉ាស៊ីតសត្វពាហនៈ (គោ ក្របី ពពែ ចៀម) នៅក្នុងប្រទេសកម្ពុជាផ្ទាល់។
  • យុទ្ធសាស្រ្តប្រើប្រាស់ថ្នាំទម្លាក់ព្រូន (Anthelmintic strategy): អគ្គនាយកដ្ឋានសុខភាពសត្វ និងផលិតកម្មសត្វ អាចរៀបចំគោលការណ៍ណែនាំដល់កសិករ និងពេទ្យសត្វភូមិ អំពីការជ្រើសរើសប្រភេទថ្នាំទម្លាក់ព្រូនឱ្យត្រូវនឹងសែនទីប និងកាត់បន្ថយការស៊ាំនឹងថ្នាំ។

សរុបមក ការអនុវត្តបច្ចេកទេសម៉ូលេគុលនេះនឹងជួយឱ្យកម្ពុជាផ្លាស់ប្តូរពីការប៉ាន់ស្មានទូទៅ ទៅជាការគ្រប់គ្រងជំងឺបសុសត្វដែលមានភាពជាក់លាក់ខ្ពស់ និងផ្អែកលើទិន្នន័យវិទ្យាសាស្រ្តច្បាស់លាស់។

៤. ផែនការសកម្មភាពសម្រាប់និស្សិត (Actionable Roadmap)

ដើម្បីអនុវត្តតាមការសិក្សានេះ និស្សិតគួរអនុវត្តតាមជំហានខាងក្រោម៖

  1. ជំហានទី១៖ សិក្សាមូលដ្ឋានគ្រឹះពីប៉ារ៉ាស៊ីតសាស្ត្រ និងបច្ចេកទេស PCR: និស្សិតត្រូវស្វែងយល់ពីវដ្តជីវិត រូបរាងសាស្ត្ររបស់ Haemonchus contortus និងទ្រឹស្តីនៃការបំបែកលំដាប់ហ្សែន ITS2 ដោយអាចប្រើប្រាស់ឯកសារយោង និងរៀនពីវគ្គខ្លីៗតាមអនឡាញទាក់ទងនឹងរបៀបដំណើរការ Polymerase Chain Reaction (PCR)។
  2. ជំហានទី២៖ ការប្រមូលគំរូ និងការកំណត់អត្តសញ្ញាណបឋម: ចុះទៅកាន់សត្តឃាតក្នុងស្រុកដើម្បីប្រមូលគំរូព្រូនពីក្រពះសត្វទំពារអៀង (ពពែ ឬចៀម)។ យកគំរូមកលាងសម្អាត និងប្រើប្រាស់កែវពង្រីក (Microscope) ដើម្បីវាស់ស្ទង់រូបរាង និងបញ្ជាក់ថាវាពិតជាប្រភេទ H. contortus មុននឹងរក្សាទុកក្នុងអេតាណុល ៧០%។
  3. ជំហានទី៣៖ ការស្រង់ DNA និងការអនុវត្ត PCR ក្នុងមន្ទីរពិសោធន៍: ប្រើប្រាស់ឧបករណ៍ Genomic DNA Extraction Kit ដើម្បីទាញយក DNA ពីក្បាលព្រូន។ បន្ទាប់មក រៀបចំល្បាយ PCR ដោយប្រើប្រាស់ Primers NC1 និង NC2 រួចយកទៅដាក់ក្នុងម៉ាស៊ីន Thermal Cycler ដើម្បីបង្កើនចំនួនហ្សែន ITS2។
  4. ជំហានទី៤៖ ការវិភាគជីវពត៌មានវិទ្យា (Bioinformatics Analysis): បន្ទាប់ពីទទួលបានលទ្ធផល Sequencing សូមទាញយកទិន្នន័យពី GenBank មកប្រៀបធៀប។ ប្រើប្រាស់កម្មវិធី MEGA 5 ឬជំនាន់ថ្មីជាងនេះ ដើម្បីតម្រឹមសេកង់ (Sequence alignment) និងសាងសង់មែកធាងប្រវត្តិពូជសាសន៍ (Phylogenetic tree) ដោយប្រើវិធីសាស្ត្រ UPGMA។
  5. ជំហានទី៥៖ សរសេររបាយការណ៍ និងការផ្តល់អនុសាសន៍: បកស្រាយលទ្ធផលនៃសែនទីប (Genotypes) ដែលរកឃើញ ថាតើវាមានទំនាក់ទំនងជាមួយសែនទីបនៅប្រទេសជិតខាង ឬជាពូជស៊ាំនឹងថ្នាំដែរឬទេ។ ចងក្រងជាអត្ថបទស្រាវជ្រាវ និងចែករំលែកដល់ពេទ្យសត្វមូលដ្ឋានដើម្បីកែលម្អការគ្រប់គ្រងកសិដ្ឋាន និងការប្រើថ្នាំទម្លាក់ព្រូន។

៥. វាក្យសព្ទបច្ចេកទេស (Technical Glossary)

ពាក្យបច្ចេកទេស ការពន្យល់ជាខេមរភាសា (Khmer Explanation) និយមន័យសាមញ្ញ (Simple Definition)
Second internal transcribed spacer (ITS2) (លំហទទេចម្លងខាងក្នុងទីពីរ) វាគឺជាផ្នែកមួយនៃ DNA राइबोसोम (Ribosomal DNA) ដែលមិនបង្កើតជាប្រូតេអ៊ីន ប៉ុន្តែមានសារៈសំខាន់ខ្លាំងក្នុងការកំណត់អត្តសញ្ញាណប្រភេទសត្វ និងភាពខុសគ្នានៃហ្សែន ព្រោះវាមានបម្រែបម្រួលខ្ពស់រវាងប្រភេទសត្វផ្សេងៗគ្នា ទោះបីជាប្រភេទនោះស្រដៀងគ្នាខ្លាំងក៏ដោយ។ វាប្រៀបដូចជា "លេខកូដសម្ងាត់" ឬ "ស្នាមម្រាមដៃ" ផ្ទាល់ខ្លួនរបស់ពពួកព្រូននីមួយៗ ដែលជួយឱ្យអ្នកវិទ្យាសាស្ត្រអាចបែងចែកពួកវាដាច់ពីគ្នាបានយ៉ាងច្បាស់។
Polymerase chain reaction (PCR) (ប្រតិកម្មច្រវាក់ប៉ូលីមេរ៉ាស) ជាបច្ចេកទេសមន្ទីរពិសោធន៍កម្រិតខ្ពស់សម្រាប់ចម្លង ឬបង្កើនចំនួនបំណែក DNA ជាក់លាក់មួយពីចំនួនតិចតួចបំផុត ឱ្យទៅជារាប់លានច្បាប់ចម្លង ដើម្បីទទួលបានបរិមាណ DNA គ្រប់គ្រាន់ក្នុងការយកទៅវិភាគបន្ត ដូចជាការអានតំណលំដាប់ហ្សែនជាដើម។ វាដូចជាម៉ាស៊ីនកូពី (Photocopy) ដ៏អស្ចារ្យមួយ ដែលអាចថតចម្លងឯកសារមួយសន្លឹកទៅជារាប់លានសន្លឹកក្នុងរយៈពេលដ៏ខ្លី។
Phylogenetic analysis (ការវិភាគប្រវត្តិពូជសាសន៍) គឺជាការសិក្សាពីទំនាក់ទំនងនៃការវិវត្ត (Evolutionary relationships) រវាងក្រុមនៃសារពាង្គកាយផ្សេងៗគ្នា ដោយប្រើប្រាស់ទិន្នន័យហ្សែន ដើម្បីបង្កើតជាដ្យាក្រាមរាងដូចមែកធាង (Phylogenetic tree) ដែលបង្ហាញពីប្រភពដើម និងភាពជិតស្និទ្ធរបស់ពួកវា។ វាប្រៀបដូចជាការគូរ "តារាងពង្សាវតារគ្រួសារ" (Family Tree) ដើម្បីដឹងថាអ្នកណាជាដូនតា ហើយអ្នកណាជាបងប្អូនជីដូនមួយនឹងគ្នា។
Polymorphic sites (ទីតាំងប្រែប្រួលប៉ូលីម័រហ្វីក) សំដៅលើទីតាំងជាក់លាក់ណាមួយនៅលើខ្សែ DNA ដែលមានការផ្លាស់ប្តូរ ឬខុសគ្នានៃតួអក្សរហ្សែន (Nucleotides: A, C, G, T) នៅពេលដែលយើងប្រៀបធៀបរវាងសមាជិកផ្សេងគ្នានៅក្នុងប្រភេទតែមួយ។ ទិន្នន័យនេះបង្ហាញពីការវិវត្ត និងភាពចម្រុះរបស់វា។ វាដូចជាពាក្យមួយម៉ាត់ដែលមនុស្សនៅតំបន់ផ្សេងគ្នាសរសេរខុសអក្ខរាវិរុទ្ធបន្តិចបន្តួច (ឧទាហរណ៍៖ ទឹកភ្នែក និង ទឹកភ្នែគ) ប៉ុន្តែនៅតែមានន័យដូចគ្នា។
Genotype diversity (ភាពចម្រុះនៃសែនទីប) ជារង្វាស់ដែលបង្ហាញពីចំនួននៃទម្រង់ហ្សែនខុសៗគ្នា (Genotypes) ដែលមានវត្តមាននៅក្នុងក្រុមប្រជាសាស្ត្រណាមួយ។ ការមានភាពចម្រុះនៃសែនទីបខ្ពស់ មានន័យថាព្រូនទាំងនោះមានការវិវត្តបត់បែនខ្ពស់ ដែលអាចធ្វើឱ្យវាធន់នឹងលក្ខខណ្ឌបរិស្ថាន ឬស៊ាំនឹងថ្នាំសម្លាប់ព្រូន។ វាប្រៀបដូចជាហាងលក់អាវមួយដែលមានលក់អាវម៉ូដតែមួយ ប៉ុន្តែមានច្រើនពណ៌ និងច្រើនទំហំខុសៗគ្នាសម្រាប់តម្រូវអតិថិជន។
UPGMA method (វិធីសាស្ត្រចាប់គូក្រុមដោយមិនគិតទម្ងន់និងប្រើមធ្យមនព្វន្ធ) ជាក្បួនដោះស្រាយតាមគណិតវិទ្យា (Algorithm) សម្រាប់បង្កើតមែកធាងប្រវត្តិពូជសាសន៍ ដោយធ្វើការផ្គូផ្គងក្រុមហ្សែន (DNA Sequences) ដែលមានភាពស្រដៀងគ្នាខ្លាំងជាងគេចូលគ្នាម្តងមួយគូៗ រហូតដល់គ្រប់គ្នាត្រូវបានចងជាក្រុមធំមួយ ដើម្បីបង្ហាញពីទំនាក់ទំនងនៃតំណពូជ។ វាដូចជាការចាត់ថ្នាក់សិស្សក្នុងថ្នាក់ឱ្យអង្គុយជាក្រុម ដោយឱ្យអ្នកដែលមានចំណង់ចំណូលចិត្តស្រដៀងគ្នាខ្លាំងបំផុតអង្គុយជិតគ្នាជាបន្តបន្ទាប់។
Spicule (ស្ពៃគីល ឬអវយវៈបន្តពូជព្រូនឈ្មោល) ជារចនាសម្ព័ន្ធរឹងដូចម្ជុលរបស់ពពួកព្រូនមូលឈ្មោល (Nematodes) ដែលត្រូវបានប្រើប្រាស់ក្នុងពេលរួមភេទ។ អ្នកវិទ្យាសាស្ត្រតែងតែវាស់វែងទំហំនិងរូបរាងរបស់វា ក្រោមមីក្រូទស្សន៍ ដើម្បីកំណត់ថាតើវាជាព្រូនប្រភេទអ្វី មុននឹងឈានដល់ការវិភាគ DNA។ វាដូចជាកូនសោររចនាបទពិសេសមួយដែលមានរូបរាងខុសៗគ្នាទៅតាមម៉ាកសោរ (ប្រភេទព្រូន) នីមួយៗ ដែលគេអាចមើលរូបរាងវាដើម្បីដឹងពីម៉ាក។

៦. ប្រធានបទពាក់ព័ន្ធ (Further Reading)

អត្ថបទដែលបានបោះពុម្ពនៅលើ KhmerResearch ដែលទាក់ទងនឹងប្រធានបទនេះ៖

ប្រធានបទ និងសំណួរស្រាវជ្រាវដែលទាក់ទងនឹងឯកសារនេះ ដែលអ្នកអាចស្វែងរកបន្ថែម៖