Original Title: Overexpression and characterization of alkaliphilic Bacillus firmus strain K-1 xylanase
Source: doi.org/10.1016/j.anres.2018.03.011
Disclaimer: Summary generated by AI based on the provided document. Please refer to the original paper for full scientific accuracy.

ការបញ្ចេញលើសកម្រិត និងការកំណត់លក្ខណៈអង់ស៊ីម Xylanase ពីបាក់តេរីអាល់កាឡាំងស៊ាំ Bacillus firmus ស្រឡាយ K-1

ចំណងជើងដើម៖ Overexpression and characterization of alkaliphilic Bacillus firmus strain K-1 xylanase

អ្នកនិពន្ធ៖ Karntichar Mongkorntanyatip (Department of Microbiology, Faculty of Science, King Mongkut's University of Technology Thonburi, Thailand), Puangpen Limsakul (School of Bioresources and Technology, King Mongkut's University of Technology Thonburi, Thailand), Khanok Ratanakhanokchai (School of Bioresources and Technology, King Mongkut's University of Technology Thonburi, Thailand), Pongsak Khunrae (Department of Microbiology, Faculty of Science, King Mongkut's University of Technology Thonburi, Thailand)

ឆ្នាំបោះពុម្ព៖ 2017, Agriculture and Natural Resources

វិស័យសិក្សា៖ Biotechnology

១. សេចក្តីសង្ខេបប្រតិបត្តិ (Executive Summary)

បញ្ហា (The Problem)៖ អង់ស៊ីម xylanase (Xyn11A) ដែលទាញយកដោយផ្ទាល់ពីបាក់តេរីអាល់កាឡាំង Bacillus firmus ស្រឡាយ K-1 មានសកម្មភាពទាប ដែលធ្វើឱ្យមានការលំបាកក្នុងការយកទៅប្រើប្រាស់ឱ្យមានប្រសិទ្ធភាពក្នុងវិស័យឧស្សាហកម្ម។

វិធីសាស្ត្រ (The Methodology)៖ ការសិក្សានេះបានប្រើប្រាស់បច្ចេកវិទ្យា DNA សំយោគ (Recombinant DNA technology) ដើម្បីផលិតអង់ស៊ីមនេះឡើងវិញនៅក្នុងប្រព័ន្ធ E. coli និងធ្វើការបន្សុទ្ធសម្រាប់វាស់ស្ទង់សកម្មភាព។

លទ្ធផលសំខាន់ៗ (The Verdict)៖

២. ការវិភាគលើប្រសិទ្ធភាព និងដែនកំណត់ (Performance & Constraints)

វិធីសាស្ត្រ (Method) គុណសម្បត្តិ (Pros) គុណវិបត្តិ (Cons) លទ្ធផលគន្លឹះ (Key Result)
Native Enzyme Isolation (from Bacillus firmus K-1)
ការទាញយកអង់ស៊ីមពីបាក់តេរីដើម (Bacillus firmus K-1)
មិនតម្រូវឱ្យមានការប្រើប្រាស់បច្ចេកវិទ្យាវិស្វកម្មហ្សែនស្មុគស្មាញ ឬប្រព័ន្ធបញ្ចេញប្រូតេអ៊ីនជំនួសឡើយ។ អង់ស៊ីមដែលទទួលបានមានសកម្មភាពទាប ហើយងាយរងការបំបែកដោយអង់ស៊ីមផ្សេងៗទៀតដែលមាននៅក្នុងមជ្ឈដ្ឋានបណ្តុះដើម។ មានសកម្មភាពជាក់លាក់ទាប (ប្រមាណ ៣៦ U/mg) និងមានប្រសិទ្ធភាពទាបក្នុងការបំបែក xylan ដែលមិនរលាយ។
Recombinant DNA Technology (E. coli expression)
បច្ចេកវិទ្យា DNA សំយោគ (ការបញ្ចេញក្នុង E. coli)
ផ្តល់ទិន្នផលអង់ស៊ីមខ្ពស់ មានភាពបរិសុទ្ធ ងាយស្រួលក្នុងការបន្សុទ្ធដោយប្រើប្រព័ន្ធកាតាលីករ និងមានសកម្មភាពខ្លាំងក្លា។ ទាមទារឧបករណ៍មន្ទីរពិសោធន៍ទំនើប និងសារធាតុគីមីដែលមានតម្លៃថ្លៃ ដូចជា IPTG និង TEV protease ជាដើម។ សកម្មភាពជាក់លាក់កើនឡើងដល់ ៣០៣៤ U/mg (ខ្ពស់ជាងមុន ៨៤ ដង) និងមានប្រសិទ្ធភាពបំបែក xylan ដែលមិនរលាយបានល្អជាងមុនដល់ទៅ ១០០ ដង។

ការចំណាយលើធនធាន (Resource Cost)៖ ការអនុវត្តបច្ចេកទេសនេះទាមទារឱ្យមានមន្ទីរពិសោធន៍ជីវបច្ចេកវិទ្យាកម្រិតខ្ពស់ និងឧបករណ៍វិភាគប្រូតេអ៊ីនទំនើបៗ។

៣. ការពិនិត្យសម្រាប់បរិបទកម្ពុជា/អាស៊ីអាគ្នេយ៍

ភាពលំអៀងនៃទិន្នន័យ (Data Bias)៖

ការសិក្សានេះត្រូវបានធ្វើឡើងនៅក្នុងលក្ខខណ្ឌមន្ទីរពិសោធន៍ (In vitro) នៅប្រទេសថៃ ដោយប្រើប្រាស់កាកសំណល់កសិកម្មមួយចំនួនដូចជា ស្នៀតពោត និងចំបើង។ ទោះបីជាលទ្ធផលបង្ហាញពីប្រសិទ្ធភាពខ្ពស់ ប៉ុន្តែវានៅមិនទាន់បានធ្វើតេស្តក្នុងទ្រង់ទ្រាយឧស្សាហកម្មធំ (Pilot/Industrial scale) នៅឡើយទេ។ សម្រាប់ប្រទេសកម្ពុជា ទិន្នន័យនេះមានសារៈសំខាន់ដោយសារកម្ពុជាមានសំណល់កសិកម្មស្រដៀងគ្នាជាច្រើនដែលអាចប្រើប្រាស់ជាវត្ថុធាតុដើមបានយ៉ាងសំបូរបែប។

លទ្ធភាពនៃការអនុវត្ត (Applicability)៖

បច្ចេកទេសផលិតអង់ស៊ីមនេះមានសក្តានុពលខ្ពស់ណាស់ក្នុងការជំរុញវិស័យកសិ-ឧស្សាហកម្ម និងជីវបច្ចេកវិទ្យានៅកម្ពុជា។

ជារួម ការអភិវឌ្ឍនិងប្រើប្រាស់អង់ស៊ីម xylanase កម្រិតខ្ពស់នេះ អាចជួយកម្ពុជាក្នុងការប្រែក្លាយសំណល់កសិកម្មដែលគ្មានតម្លៃ ទៅជាផលិតផលជីវសាស្ត្រដែលមានសក្តានុពលសេដ្ឋកិច្ច។

៤. ផែនការសកម្មភាពសម្រាប់និស្សិត (Actionable Roadmap)

ដើម្បីអនុវត្តតាមការសិក្សានេះ និស្សិតគួរអនុវត្តតាមជំហានខាងក្រោម៖

  1. សិក្សាមូលដ្ឋានគ្រឹះផ្នែកវិស្វកម្មហ្សែន: ស្វែងយល់ពីបច្ចេកទេសក្លូនហ្សែន (Gene cloning) ការទាញយកហ្សែនគោលដៅ និងការប្រើប្រាស់ Expression Vector ដូចជា pET15b ដើម្បីបញ្ចូលហ្សែនទៅក្នុងប្រព័ន្ធបាក់តេរី E. coli BL21 (DE3)
  2. អនុវត្តបច្ចេកទេសបន្សុទ្ធប្រូតេអ៊ីនកម្រិតខ្ពស់: ហ្វឹកហាត់ប្រើប្រាស់ប្រព័ន្ធក្រូម៉ាតូក្រាហ្វីដូចជា Ni2+-NTA Affinity Chromatography និង Gel-filtration Chromatography ព្រមទាំងបច្ចេកទេសកាត់ផ្តាច់ fusion tag ដោយប្រើ TEV protease ដើម្បីទាញយកអង់ស៊ីមដែលបរិសុទ្ធ។
  3. វិភាគសកម្មភាព និងលក្ខណៈរបស់អង់ស៊ីម: រៀនពីរបៀបវាស់ស្ទង់បរិមាណស្ករ (Reducing sugar) ដោយប្រើវិធីសាស្ត្រ Somogyi-Nelson method និងធ្វើការកំណត់សីតុណ្ហភាព និងកម្រិត pH ដែលអង់ស៊ីមមានសកម្មភាពខ្ពស់បំផុត (Optimal conditions)។
  4. តេស្តផ្ទាល់លើសំណល់កសិកម្មក្នុងស្រុក: ប្រមូលសំណល់កសិកម្មជាក់ស្តែងនៅកម្ពុជា (ដូចជា ចំបើង ស្នៀតពោត) យកមកកែច្នៃបឋម (Pretreatment) រួចសាកល្បងបំបែកដោយប្រើប្រាស់អង់ស៊ីម rXyn11A ជាមួយកម្រិត Enzyme dose ផ្សេងៗគ្នា ដើម្បីស្វែងរកកម្រិតដ៏សមស្របសម្រាប់ការប្រើប្រាស់ជាក់ស្តែង។

៥. វាក្យសព្ទបច្ចេកទេស (Technical Glossary)

ពាក្យបច្ចេកទេស ការពន្យល់ជាខេមរភាសា (Khmer Explanation) និយមន័យសាមញ្ញ (Simple Definition)
Recombinant DNA technology (បច្ចេកវិទ្យា DNA សំយោគ) បច្ចេកទេសកាត់តនិងបញ្ចូលហ្សែនពីសព៌ាង្គកាយមួយ (ឧទាហរណ៍៖ បាក់តេរី Bacillus firmus) ទៅក្នុងសព៌ាង្គកាយមួយទៀត (ឧទាហរណ៍៖ E. coli) ដើម្បីឱ្យវាផលិតប្រូតេអ៊ីន ឬអង់ស៊ីមដែលយើងចង់បានក្នុងបរិមាណច្រើននិងមានភាពបរិសុទ្ធខ្ពស់។ ដូចជាការថតចម្លងសៀវភៅមគ្គុទ្ទេសក៍ធ្វើម្ហូបពីចុងភៅម្នាក់ យកទៅឱ្យចុងភៅម្នាក់ទៀតដែលធ្វើការលឿនជាង ដើម្បីផលិតម្ហូបដដែលនោះឱ្យបានច្រើន។
Xylanase (អង់ស៊ីមស៊ីឡាណាស) ជាប្រភេទអង់ស៊ីមដែលអាចបំបែកសារធាតុ Xylan ដែលជាសមាសធាតុស៊ាំញ៉ាំមួយមាននៅតាមជញ្ជាំងកោសិការុក្ខជាតិ (ហេមីសែលុយឡូស) ទៅជាជាតិស្ករសាមញ្ញ (Xylose និង Xylooligosaccharides)។ ដូចជាកន្ត្រៃដែលកាត់ខ្សែសង្វាក់ដ៏វែងរបស់សរសៃរុក្ខជាតិឱ្យទៅជាកង់ៗតូចៗងាយស្រួលយកទៅប្រើប្រាស់។
Alkaliphilic bacteria (បាក់តេរីអាល់កាឡាំងស៊ាំ / បាក់តេរីចូលចិត្តមជ្ឈដ្ឋានបាស) ជាប្រភេទមីក្រូសព៌ាង្គកាយដែលអាចរស់នៅ និងលូតលាស់បានយ៉ាងល្អនៅក្នុងមជ្ឈដ្ឋានដែលមានកម្រិត pH ខ្ពស់ (មជ្ឈដ្ឋានបាស ឬអាល់កាឡាំង ចាប់ពី ៩ ឡើងទៅ) ដែលបាក់តេរីទូទៅមិនអាចរស់បាន។ ដូចជាប្រភេទត្រីពិសេសដែលអាចរស់នៅក្នុងទឹកដែលមានជាតិប្រៃខ្លាំង ខណៈដែលត្រីធម្មតានឹងងាប់។
Specific activity (សកម្មភាពជាក់លាក់) រង្វាស់ដែលបង្ហាញពីកម្រិតភាពសកម្ម ឬប្រសិទ្ធភាពរបស់អង់ស៊ីមក្នុងមួយឯកតាម៉ាសនៃប្រូតេអ៊ីនសរុប (គិតជា U/mg)។ លេខកាន់តែធំ បង្ហាញថាអង់ស៊ីមកាន់តែបរិសុទ្ធ និងមានកម្លាំងប្រតិកម្មខ្ពស់។ ដូចជាការវាស់ស្ទង់ថាតើម៉ាស៊ីនមួយអាចផលិតទំនិញបានប៉ុន្មានក្នុងមួយម៉ោង បើធៀបនឹងទម្ងន់របស់ម៉ាស៊ីននោះ។ ម៉ាស៊ីនតូចតែផលិតបានច្រើន គឺមានប្រសិទ្ធភាពខ្ពស់។
Ni2+-NTA affinity chromatography (ក្រូម៉ាតូក្រាហ្វីបន្សុទ្ធដោយប្រើនីកែល) បច្ចេកទេសបន្សុទ្ធប្រូតេអ៊ីនដោយប្រើជ័រ (Resin) ដែលមានផ្ទុកអ៊ីយ៉ុងនីកែល (Ni2+) ដែលអាចចាប់ទាញយកតែប្រូតេអ៊ីនណាដែលមានកន្ទុយហ៊ីស្ទីឌីន (Hexahistidine tag) ធ្វើឱ្យគេអាចញែកប្រូតេអ៊ីនគោលដៅចេញពីល្បាយកោសិកាចម្រុះបានយ៉ាងងាយ។ ដូចជាការប្រើមេដែកដើម្បីស្រូបទាញយកតែកម្ទេចដែកចេញពីគំនរខ្សាច់ដ៏ធំមួយយ៉ាងច្បាស់លាស់អញ្ចឹងដែរ។
Expression vector (វ៉ិចទ័របញ្ចេញហ្សែន) ជាម៉ូលេគុល DNA ជារង្វង់ (ឧទាហរណ៍៖ ផ្លាស្មីត pET15b) ដែលត្រូវបានរចនាឡើងដើម្បីដឹកនាំហ្សែនគោលដៅបញ្ចូលទៅក្នុងកោសិកាធ្នាក់ (Host cell) និងជំរុញឱ្យកោសិកានោះផលិតប្រូតេអ៊ីនតាមកូដនៃហ្សែននោះ។ ដូចជារថយន្តដឹកជញ្ជូនដែលយករូបមន្តសម្ងាត់ទៅដាក់ក្នុងរោងចក្រ ដើម្បីប្រាប់ម៉ាស៊ីនរោងចក្រឱ្យចាប់ផ្តើមផលិត។
Hydrolysis (អ៊ីដ្រូលីស / ការបំបែកដោយទឹក) ជាប្រតិកម្មគីមីដែលម៉ូលេគុលធំៗត្រូវបានបំបែកទៅជាម៉ូលេគុលតូចៗដោយមានការចូលរួមផ្តាច់សម្ព័ន្ធពីម៉ូលេគុលទឹក ដែលជាញឹកញាប់ត្រូវបានពន្លឿនដោយវត្តមានរបស់អង់ស៊ីម។ ដូចជាការយកទឹកមកផ្សើមដីឥដ្ឋដែលរឹង ដើម្បីងាយស្រួលបំបែកវាជាដុំតូចៗ។

៦. ប្រធានបទពាក់ព័ន្ធ (Further Reading)

អត្ថបទដែលបានបោះពុម្ពនៅលើ KhmerResearch ដែលទាក់ទងនឹងប្រធានបទនេះ៖

ប្រធានបទ និងសំណួរស្រាវជ្រាវដែលទាក់ទងនឹងឯកសារនេះ ដែលអ្នកអាចស្វែងរកបន្ថែម៖