Original Title: Diversity of durian (Durio zibethinus L.) from Nonthaburi, Thailand based on morpho-palatability characteristics and simple sequence repeat markers
Source: doi.org/10.34044/j.anres.2019.53.3.02
Disclaimer: Summary generated by AI based on the provided document. Please refer to the original paper for full scientific accuracy.

ភាពចម្រុះនៃធុរេន (Durio zibethinus L.) មកពីខេត្តនន្ទបុរី ប្រទេសថៃ ផ្អែកលើលក្ខណៈរូបសាស្ត្រ-រសជាតិ និងអង្គសម្គាល់ម៉ូលេគុល Simple Sequence Repeat

ចំណងជើងដើម៖ Diversity of durian (Durio zibethinus L.) from Nonthaburi, Thailand based on morpho-palatability characteristics and simple sequence repeat markers

អ្នកនិពន្ធ៖ Wisuwat Songnuan (Department of Plant Science, Faculty of Science, Mahidol University), Aussanee Pichakum (Department of Plant Science, Faculty of Science, Mahidol University), Paweena Traiperm (Department of Plant Science, Faculty of Science, Mahidol University), Em-orn Rungjangsuwan (Department of Plant Science, Faculty of Science, Mahidol University), Umaporn Siriwattanakul (Department of Plant Science, Faculty of Science, Mahidol University), Namkhang Leeratsuwan (Department of Biology, Faculty of Science, Mahidol University), Piyarat Parinyapong Chareonsap (Plant Genetic Conservation Project, Chitralada Villa), Kasem Kulpradit (Faculty of Environment and Resource Studies, Mahidol University), Songpol Somsri (Horticultural Research Institute, Department of Agriculture), Sasivimon Chomchalow Swangpol (Department of Plant Science, Faculty of Science, Mahidol University)

ឆ្នាំបោះពុម្ព៖ 2019, Agriculture and Natural Resources

វិស័យសិក្សា៖ Agricultural Science / Plant Genetics

១. សេចក្តីសង្ខេបប្រតិបត្តិ (Executive Summary)

បញ្ហា (The Problem)៖ ការសិក្សានេះដោះស្រាយបញ្ហានៃការបាត់បង់ពូជធុរេនក្នុងស្រុកដ៏មានតម្លៃនៅក្នុងខេត្តនន្ទបុរី ប្រទេសថៃ ដោយសារនគរូបនីយកម្ម និងអាកាសធាតុធ្ងន់ធ្ងរ ដែលទាមទារឱ្យមានការកំណត់អត្តសញ្ញាណ និងចាត់ថ្នាក់ឱ្យបានត្រឹមត្រូវជាបន្ទាន់។

វិធីសាស្ត្រ (The Methodology)៖ អ្នកស្រាវជ្រាវបានវាយតម្លៃភាពចម្រុះនៃធុរេនដោយប្រើប្រាស់ទាំងលក្ខណៈរូបសាស្ត្រ និងការវិភាគអង្គសម្គាល់ម៉ូលេគុលហ្សែន។

លទ្ធផលសំខាន់ៗ (The Verdict)៖

២. ការវិភាគលើប្រសិទ្ធភាព និងដែនកំណត់ (Performance & Constraints)

វិធីសាស្ត្រ (Method) គុណសម្បត្តិ (Pros) គុណវិបត្តិ (Cons) លទ្ធផលគន្លឹះ (Key Result)
Morpho-palatability characterization
ការវាយតម្លៃលក្ខណៈរូបសាស្ត្រ-រសជាតិ
ងាយស្រួលក្នុងការសង្កេត និងអាចប្រើប្រាស់ចំណេះដឹងប្រពៃណីរបស់កសិករដើម្បីកំណត់អត្តសញ្ញាណ។ វាជួយកំណត់លក្ខណៈជាក់ស្ដែងដែលអ្នកប្រើប្រាស់ចង់បាន ដូចជាកម្រាស់សាច់ និងរសជាតិ។ ទិន្នន័យអាចប្រែប្រួលដោយសារកត្តាបរិស្ថាន (ឧទាហរណ៍៖ ទំហំស្លឹក ពណ៌សាច់) និងមានភាពលំអៀងដោយសារការវាយតម្លៃរបស់អ្នកស្រាវជ្រាវ។ ត្រូវពឹងផ្អែកលើរដូវកាលទើបមានផ្កា និងផ្លែសម្រាប់វាស់ស្ទង់។ បានកំណត់លក្ខណៈគុណភាពចំនួន ២២ និងបរិមាណចំនួន ៣៣ ប៉ុន្តែការចាត់ថ្នាក់ក្រុមមានភាពត្រឹមត្រូវទាប (r = 0.58) បើធៀបនឹងការវិភាគម៉ូលេគុល។
Simple Sequence Repeat (SSR) Markers
ការប្រើប្រាស់អង្គសម្គាល់ម៉ូលេគុល SSR (Microsatellites)
មានភាពសុក្រឹតខ្ពស់ក្នុងការកំណត់ភាពចម្រុះនៃពន្ធុវិទ្យា និងមិនទទួលរងឥទ្ធិពលពីកត្តាបរិស្ថាន ឬអាកាសធាតុនោះទេ។ ទាមទារឱ្យមានមន្ទីរពិសោធន៍បំពាក់ដោយឧបករណ៍ទំនើប ចំណាយថវិកាច្រើនលើសារធាតុគីមី និងត្រូវការអ្នកជំនាញបច្ចេកទេសកម្រិតខ្ពស់។ អាចបំបែកពូជធុរេនចំនួន ២៤ ជាក្រុមៗបានយ៉ាងច្បាស់លាស់ ជាមួយនឹងកម្រិតជឿជាក់ខ្ពស់ជាង (r = 0.73) និងតម្លៃ PIC ចន្លោះពី 0.258 ដល់ 0.535។

ការចំណាយលើធនធាន (Resource Cost)៖ ការសិក្សានេះទាមទារធនធានមន្ទីរពិសោធន៍កម្រិតខ្ពស់សម្រាប់ការវិភាគម៉ូលេគុល ព្រមទាំងការចំណាយពេលវេលាច្រើនសម្រាប់ការចុះប្រមូលទិន្នន័យរូបសាស្ត្រនៅតាមចម្ការ។

៣. ការពិនិត្យសម្រាប់បរិបទកម្ពុជា/អាស៊ីអាគ្នេយ៍

ភាពលំអៀងនៃទិន្នន័យ (Data Bias)៖

ការសិក្សានេះត្រូវបានធ្វើឡើងតែនៅក្នុងខេត្តនន្ទបុរី ប្រទេសថៃ ដោយផ្តោតលើពូជចំនួន៤២ ស្របពេលដែលពូជជាច្រើនត្រូវបានបំផ្លាញដោយសារទឹកជំនន់ធំនៅឆ្នាំ២០១១។ ទិន្នន័យនេះមិនតំណាងឱ្យពូជធុរេនទូទាំងតំបន់អាស៊ីអាគ្នេយ៍នោះទេ ប៉ុន្តែវិធីសាស្ត្រនៃការសិក្សានេះគឺមានសារៈសំខាន់ជាគំរូសម្រាប់ប្រទេសកម្ពុជា ក្នុងការវាយតម្លៃ និងអភិរក្សពូជធុរេនក្នុងស្រុកដែលកំពុងរងការគំរាមកំហែងពីការប្រែប្រួលអាកាសធាតុ។

លទ្ធភាពនៃការអនុវត្ត (Applicability)៖

វិធីសាស្ត្ររួមបញ្ចូលគ្នារវាងការវាយតម្លៃរូបសាស្ត្រ និងការវិភាគ DNA នេះ មានអត្ថប្រយោជន៍យ៉ាងខ្លាំងសម្រាប់ការអភិវឌ្ឍ និងគាំពារវិស័យដាំដុះធុរេននៅក្នុងប្រទេសកម្ពុជា។

ការប្រើប្រាស់បច្ចេកវិទ្យា DNA គួបផ្សំនឹងចំណេះដឹងប្រពៃណី នឹងជួយកម្ពុជាធានាបាននូវអត្តសញ្ញាណ និងរក្សាបាននូវគុណភាពខ្ពស់នៃផលិតផលធុរេនរបស់ខ្លួនប្រកបដោយនិរន្តរភាព។

៤. ផែនការសកម្មភាពសម្រាប់និស្សិត (Actionable Roadmap)

ដើម្បីអនុវត្តតាមការសិក្សានេះ និស្សិតគួរអនុវត្តតាមជំហានខាងក្រោម៖

  1. ការរៀបចំផែនការ និងការប្រមូលសំណាក (Planning and Sampling): បង្កើតក្រុមស្រាវជ្រាវដើម្បីចុះប្រមូលសំណាកស្លឹក ផ្កា និងផ្លែធុរេនពីតំបន់ដាំដុះសំខាន់ៗ (ដូចជា កំពត និង ត្បូងឃ្មុំ) ដោយកត់ត្រាទិន្នន័យរូបសាស្ត្រដោយផ្អែកតាមស្ដង់ដាររបស់ Bioversity International
  2. ការចម្រាញ់ DNA និងការវិភាគម៉ូលេគុល (DNA Extraction and PCR): អនុវត្តការចម្រាញ់ DNA ពីរុក្ខជាតិដោយប្រើប្រាស់ DNeasy Plant Mini Kit និងធ្វើការពង្រីកសេនដោយប្រើប្រាស់ SSR Primers តាមរយៈម៉ាស៊ីន PCR Thermal Cycler នៅក្នុងមន្ទីរពិសោធន៍។
  3. ការវិភាគទិន្នន័យជីវព័ត៌មានវិទ្យា (Bioinformatics Analysis): ប្រើប្រាស់កម្មវិធីកុំព្យូទ័រដូចជា GenAlEx 6.5 និង NTSYS-pc ដើម្បីគណនាភាពចម្រុះនៃពន្ធុ និងបង្កើតដ្យាក្រាមមែកធាង (UPGMA Dendrogram) ដើម្បីស្វែងយល់ពីទំនាក់ទំនងរវាងពូជ។
  4. ការបង្កើតមូលដ្ឋានទិន្នន័យ និងចុះបញ្ជីការពារ (Database & GI Registration): ចងក្រងទិន្នន័យរូបសាស្ត្រ និងទិន្នន័យហ្សែនបញ្ចូលគ្នាទៅក្នុងប្រព័ន្ធទិន្នន័យជាតិ រួចសហការជាមួយក្រសួងពាណិជ្ជកម្ម និងក្រសួងកសិកម្ម ដើម្បីចុះបញ្ជីម៉ាកសម្គាល់ភូមិសាស្ត្រ (GI) សម្រាប់ពូជក្នុងស្រុក។
  5. កម្មវិធីបង្កាត់ពូជ និងនវានុវត្តន៍ (Breeding Program Application): ប្រើប្រាស់លទ្ធផលដែលទទួលបាន ដើម្បីកំណត់អត្តសញ្ញាណពូជមេ-បាដែលមានសក្តានុពល (ឧទាហរណ៍ ពូជមានផ្លែធំ និងសាច់ក្រាស់) សម្រាប់កម្មវិធីបង្កាត់ពូជធុរេនជំនាន់ថ្មីដែលមានគុណភាពខ្ពស់ ធន់នឹងជំងឺ និងអាកាសធាតុ។

៥. វាក្យសព្ទបច្ចេកទេស (Technical Glossary)

ពាក្យបច្ចេកទេស ការពន្យល់ជាខេមរភាសា (Khmer Explanation) និយមន័យសាមញ្ញ (Simple Definition)
Simple sequence repeat (SSR) markers (អង្គសម្គាល់ម៉ូលេគុល SSR) វាគឺជាបំណែកតូចៗនៃ DNA ដែលមានការផ្ទួនៗគ្នាច្រើនដង និងខុសៗគ្នាពីពូជមួយទៅពូជមួយ ដែលអ្នកវិទ្យាសាស្ត្រប្រើប្រាស់ដើម្បីកំណត់អត្តសញ្ញាណ និងសិក្សាពីភាពខុសគ្នានៃសេនេទិចរបស់រុក្ខជាតិ ឬសត្វ ដោយមិនរងឥទ្ធិពលពីបរិស្ថាន។ ដូចជាលេខកូដសម្ងាត់ (Barcode) ឬក្រសៅស្នាមម្រាមដៃ ដែលជួយយើងបែងចែកភាពខុសគ្នារវាងមនុស្សម្នាក់ៗ ឬវត្ថុមួយៗយ៉ាងច្បាស់លាស់ ទោះបីជាមើលពីសំបកក្រៅស្រដៀងគ្នាក៏ដោយ។
Morpho-palatability characteristics (លក្ខណៈរូបសាស្ត្រ-រសជាតិ) ជាការសិក្សាទៅលើលក្ខណៈរូបរាងខាងក្រៅ (ដូចជាទំហំ ទម្រង់ស្លឹក ឬបន្លាផ្លែ) បូករួមជាមួយនឹងលក្ខណៈនៃគុណភាពសម្រាប់បរិភោគ (ដូចជារសជាតិ កម្រាស់សាច់ ក្លិន និងពណ៌) ដើម្បីធ្វើចំណាត់ថ្នាក់ពូជរុក្ខជាតិ។ ដូចជាការវាយតម្លៃមុខម្ហូបមួយ ដោយមើលទាំងការតុបតែងលម្អខាងក្រៅដ៏ស្រស់ស្អាត (រូបសាស្ត្រ) និងការភ្លក់រសជាតិដ៏ឆ្ងាញ់ពិសាផ្ទាល់មាត់ (រសជាតិ)។
Dendrogram (ដ្យាក្រាមមែកធាង) គឺជាគំនូសបំព្រួញរាងដូចមែកធាង ដែលបង្ហាញពីទំនាក់ទំនងញាតិសន្តាន និងការចាត់ថ្នាក់ជាក្រុមរវាងពូជរុក្ខជាតិ ឬសត្វ ដោយផ្អែកលើកម្រិតនៃភាពស្រដៀងគ្នានៃហ្សែន ឬរូបសាស្ត្ររបស់ពួកវា។ ដូចជាការគូរខ្សែស្រឡាយមែកធាងគ្រួសារ ដែលបង្ហាញថាអ្នកណាជាបងប្អូនបង្កើត អ្នកណាជាបងប្អូនជីដូនមួយ ផ្អែកលើទំនាក់ទំនងឈាមជ័រ។
Polymorphism information content / PIC (មាតិកាព័ត៌មាននៃពហុសណ្ឋាន) គឺជារង្វាស់ស្ថិតិមួយដែលប្រើក្នុងហ្សែនវិទ្យា ដើម្បីវាយតម្លៃថាតើអង្គសម្គាល់ម៉ូលេគុល (Marker) មួយមានប្រសិទ្ធភាពកម្រិតណាក្នុងការបែងចែកភាពខុសគ្នារវាងពូជ។ តម្លៃ PIC កាន់តែខ្ពស់ មានន័យថា Marker នោះកាន់តែពូកែបំបែកភាពខុសគ្នា។ ដូចជាការពាក់វ៉ែនតាដែលមានកម្រិតច្បាស់ខុសៗគ្នា។ វ៉ែនតាដែលមានគុណភាពខ្ពស់ (PIC ខ្ពស់) អាចជួយឱ្យយើងមើលឃើញភាពខុសគ្នានៃវត្ថុពីរយ៉ាងច្បាស់ ទោះបីវាស្រដៀងគ្នាក៏ដោយ។
UPGMA clustering (ការចាត់ថ្នាក់ក្រុមតាមវិធីសាស្ត្រ UPGMA) UPGMA (Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean) គឺជាវិធីសាស្ត្រគណនាគណិតវិទ្យាមួយសម្រាប់បង្កើតដ្យាក្រាមមែកធាង ដោយចាប់គូរុក្ខជាតិដែលមានលក្ខណៈស្រដៀងគ្នាជាងគេបញ្ចួលគ្នាជាក្រុមៗបន្តបន្ទាប់។ ដូចជាការចាត់ថ្នាក់សិស្សក្នុងថ្នាក់ជាក្រុម ដោយយកសិស្សដែលមានពិន្ទុ ឬចំណូលចិត្តស្រដៀងគ្នាជាងគេមកដាក់ក្នុងក្រុមតែមួយ រួចទើបបន្តរៀបចំក្រុមធំៗបន្តទៀត។
Polymerase chain reaction / PCR (ប្រតិកម្មច្រវាក់ប៉ូលីមេរ៉ាស) ជាបច្ចេកទេសមន្ទីរពិសោធន៍ដែលជួយចម្លង និងពង្រីកបំណែក DNA គោលដៅមួយតូច ឱ្យកើនឡើងរាប់លានដងក្នុងរយៈពេលខ្លី ដើម្បីឱ្យគេអាចមើលឃើញ និងយកវាទៅធ្វើការវិភាគបន្តបាន។ ដូចជាម៉ាស៊ីនថតចម្លងឯកសារ (Photocopier) ដែលអាចកូពីក្រដាសមួយសន្លឹកទៅជារាប់ពាន់សន្លឹក ដើម្បីចែកឱ្យមនុស្សគ្រប់គ្នាអានបាន។
Heterozygosity (ភាពអេតេរ៉ូស៊ីកូត) គឺជាកម្រិតនៃការផ្លាស់ប្តូរ ឬភាពខុសគ្នានៃទម្រង់ហ្សែន (Allele) ដែលទទួលបានពីមេ និងបា។ នៅក្នុងការសិក្សាភាពចម្រុះ កម្រិតនៃភាពអេតេរ៉ូស៊ីកូតខ្ពស់បង្ហាញថាសំណាកមានភាពសម្បូរបែបនៃពន្ធុវិទ្យាខ្ពស់។ ដូចជាការកាត់សម្លៀកបំពាក់ដោយប្រើក្រណាត់ពីរពណ៌ខុសគ្នា។ បើពណ៌ទាំងពីរខុសគ្នាខ្លាំង សម្លៀកបំពាក់នោះមើលទៅកាន់តែមានភាពចម្រុះគួរឱ្យចាប់អារម្មណ៍។
Cophenetic correlation coefficient (មេគុណសហសម្ព័ន្ធកូហ្វេនេទិច) ជារង្វាស់ស្ថិតិដែលបង្ហាញថាតើដ្យាក្រាមមែកធាង (Dendrogram) ដែលបានបង្កើតឡើងនោះ ពិតជាតំណាងឱ្យភាពស្រដៀងគ្នាតាមទិន្នន័យដើមបានត្រឹមត្រូវកម្រិតណា។ តម្លៃខិតជិត ១ មានន័យថាវាមានភាពសុក្រឹតខ្ពស់។ ដូចជាការប្រៀបធៀបរូបថតរបស់អ្នក និងរូបគំនូររបស់អ្នក។ បើរូបគំនូរនោះស្រដៀងអ្នកពិតប្រាកដស្ទើរតែ ១០០% នោះវាមានសហសម្ព័ន្ធភាពខ្ពស់។

៦. ប្រធានបទពាក់ព័ន្ធ (Further Reading)

អត្ថបទដែលបានបោះពុម្ពនៅលើ KhmerResearch ដែលទាក់ទងនឹងប្រធានបទនេះ៖

ប្រធានបទ និងសំណួរស្រាវជ្រាវដែលទាក់ទងនឹងឯកសារនេះ ដែលអ្នកអាចស្វែងរកបន្ថែម៖