បញ្ហា (The Problem)៖ ការសិក្សានេះផ្តោតលើការស្វែងយល់ពីយន្តការម៉ូលេគុលរបស់ដំឡូងមីក្នុងការឆ្លើយតបទៅនឹងភាពតានតឹងផ្នែកបរិស្ថាន (Environmental stress) តាមរយៈការវិភាគលើក្រុមកត្តាចម្លងហ្សែនប្រភេទ YABBY (YABBY transcription factors)។
វិធីសាស្ត្រ (The Methodology)៖ អ្នកស្រាវជ្រាវបានប្រើប្រាស់ទិន្នន័យហ្សែន និងទិន្នន័យ RNA-Seq ដែលមានស្រាប់ ដើម្បីធ្វើការវិភាគប្រូម៉ូទ័រ និងវាយតម្លៃកម្រិតនៃការបញ្ចេញហ្សែនក្រោមលក្ខខណ្ឌផ្សេងៗគ្នា។
លទ្ធផលសំខាន់ៗ (The Verdict)៖
| វិធីសាស្ត្រ (Method) | គុណសម្បត្តិ (Pros) | គុណវិបត្តិ (Cons) | លទ្ធផលគន្លឹះ (Key Result) |
|---|---|---|---|
| In silico Promoter Analysis (PlantCARE & BioEDIT) ការវិភាគប្រូម៉ូទ័រក្នុងកុំព្យូទ័រ (In silico Promoter Analysis) |
ងាយស្រួលនិងរហ័សក្នុងការទស្សន៍ទាយមុខងារសក្តានុពលរបស់ហ្សែនតាមរយៈធាតុ cis-regulatory elements (CREs) ដោយមិនចាំបាច់ធ្វើពិសោធន៍ផ្ទាល់នៅក្នុងមន្ទីរពិសោធន៍។ | លទ្ធផលគ្រាន់តែជាការទស្សន៍ទាយតាមរយៈកុំព្យូទ័រ (Predictions) ដែលនៅតែទាមទារការបញ្ជាក់បន្ថែមតាមរយៈការពិសោធន៍ជាក់ស្តែង (in vivo/in vitro)។ | បានរកឃើញ CREs ចំនួន ៨ ប្រភេទដែលឆ្លើយតបនឹងភាពតានតឹង និងអរម៉ូនរុក្ខជាតិរួមមាន LTRE, MYBRS, និង ABRE នៅក្នុងហ្សែនដំឡូងមី។ |
| Transcriptomic Analysis (RNA-Seq / DESeq2) ការវិភាគទិន្នន័យ RNA-Seq និងការបញ្ចេញហ្សែនខុសគ្នា (Differential Expression Analysis) |
ផ្តល់ទិន្នន័យច្បាស់លាស់អំពីកម្រិតនៃការបញ្ចេញហ្សែន (Expression levels) ជាក់ស្តែងនៅក្នុងជាលិកា និងក្រោមលក្ខខណ្ឌតានតឹងពិតប្រាកដ (គ្រោះរាំងស្ងួត, ជំងឺ)។ | ត្រូវការទិន្នន័យហ្សែនធំៗ (Big data) ឧបករណ៍វិភាគកុំព្យូទ័រកម្រិតខ្ពស់ និងចំណេះដឹងផ្នែកជីវព័ត៌មានវិទ្យា (Bioinformatics) ជំនាញក្នុងការបកស្រាយលទ្ធផល។ | បានរកឃើញហ្សែន MeYABBY02 កើនឡើង ២១,៣៨ ដងពេលរាំងស្ងួត និង MeYABBY06 ថយចុះ ៤៩,២៣ ដងពេលឆ្លងជំងឺវីរុស CBSD។ |
ការចំណាយលើធនធាន (Resource Cost)៖ ការសិក្សានេះពឹងផ្អែកទាំងស្រុងលើការវិភាគទិន្នន័យជីវព័ត៌មានវិទ្យាដែលមានស្រាប់ (In silico) ដែលមិនតម្រូវឱ្យមានការចំណាយលើមន្ទីរពិសោធន៍ផ្ទាល់នោះទេ ប៉ុន្តែទាមទារសមត្ថភាពកុំព្យូទ័រ និងជំនាញវិភាគទិន្នន័យ។
ការសិក្សានេះបានប្រើប្រាស់សំណុំទិន្នន័យ RNA-Seq ដែលមានស្រាប់ពីការស្រាវជ្រាវមុនៗ ដែលធ្វើឡើងលើពូជដំឡូងមីជាក់លាក់នៅបរទេស។ សម្រាប់ប្រទេសកម្ពុជា ដែលដំឡូងមីគឺជាដំណាំសេដ្ឋកិច្ចដ៏សំខាន់ ការបកស្រាយលទ្ធផលនេះទាមទារការប្រុងប្រយ័ត្ន ដោយសារពូជដំឡូងមីក្នុងស្រុក និងលក្ខខណ្ឌអាកាសធាតុដីអាចមានភាពខុសគ្នា ដែលអាចជះឥទ្ធិពលដល់លំនាំនៃការបញ្ចេញហ្សែន (Gene expression patterns)។
របកគំហើញពីការសិក្សានេះមានសក្តានុពលយ៉ាងធំធេងសម្រាប់គាំទ្រដល់កម្មវិធីបង្កាត់ពូជដំណាំកសិកម្មនៅក្នុងប្រទេសកម្ពុជា។
ការរួមបញ្ចូលចំណេះដឹងផ្នែកជីវម៉ូលេគុលនេះទៅក្នុងការអនុវត្តកសិកម្មជាក់ស្តែង នឹងជួយពង្រឹងសន្តិសុខស្បៀង និងកាត់បន្ថយហានិភ័យសម្រាប់ប្រជាកសិករកម្ពុជាដែលប្រឈមនឹងការប្រែប្រួលអាកាសធាតុ។
ដើម្បីអនុវត្តតាមការសិក្សានេះ និស្សិតគួរអនុវត្តតាមជំហានខាងក្រោម៖
| ពាក្យបច្ចេកទេស | ការពន្យល់ជាខេមរភាសា (Khmer Explanation) | និយមន័យសាមញ្ញ (Simple Definition) |
|---|---|---|
| YABBY Transcription Factor (កត្តាចម្លងហ្សែនប្រភេទ YABBY) | ជាប្រូតេអ៊ីនពិសេសនៅក្នុងរុក្ខជាតិដែលគ្រប់គ្រងការលូតលាស់សរីរាង្គ (ដូចជាស្លឹក) និងជួយរុក្ខជាតិឱ្យឆ្លើយតបទៅនឹងភាពតានតឹងពីបរិស្ថាន ដោយវាដើរតួជាអ្នកបញ្ជាឱ្យហ្សែនផ្សេងៗបើក ឬបិទដំណើរការ។ | ដូចជាមេបញ្ជាការដែលប្រាប់ទាហាន (ហ្សែនផ្សេងៗ) ថាតើពេលណាត្រូវវាយលុក (លូតលាស់) ឬពេលណាត្រូវការពារខ្លួន (ទប់ទល់នឹងគ្រោះរាំងស្ងួត)។ |
| cis-regulatory elements / CREs (ធាតុនិយ័តកម្ម cis) | ជាបំណែក DNA ខ្លីៗដែលស្ថិតនៅផ្នែកខាងមុខនៃហ្សែន ដែលដើរតួជាកន្លែងសម្រាប់ឱ្យកត្តាចម្លងហ្សែន (Transcription factors) មកតោងភ្ជាប់ ដើម្បីបញ្ជាឱ្យហ្សែននោះបញ្ចេញសកម្មភាពឆ្លើយតបនឹងស្ថានភាពណាមួយ។ | ដូចជាកុងតាក់ភ្លើងដែលមានប្រភេទខុសៗគ្នា (កុងតាក់សម្រាប់ភ្លើងស្តុប កុងតាក់សម្រាប់កង្ហារ) ដែលរង់ចាំម្រាមដៃ (ប្រូតេអ៊ីន) មកចុចដើម្បីបើកដំណើរការ។ |
| Promoter region (តំបន់ប្រូម៉ូទ័រ) | គឺជាផ្នែកនៃសរសៃ DNA ដែលស្ថិតនៅពីមុខហ្សែន ហើយជាកន្លែងចាប់ផ្តើមដំបូងគេសម្រាប់ការចម្លងព័ត៌មានពី DNA ទៅជា RNA។ វាជាកន្លែងផ្ទុកកុងតាក់បញ្ជា (CREs) ទាំងអស់របស់ហ្សែននោះ។ | ដូចជាទំព័រមាតិកានៃសៀវភៅ ឬស្លាកសញ្ញាប្រាប់ផ្លូវដែលប្រាប់ម៉ាស៊ីនអានហ្សែនថា "សូមចាប់ផ្តើមអានព័ត៌មានពីចំណុចនេះតទៅ"។ |
| RNA-Seq / RNA Sequencing (ការវិភាគលំដាប់ RNA) | ជាបច្ចេកវិទ្យាប្រើសម្រាប់អាននិងរាប់ចំនួនម៉ូលេគុល RNA ទាំងអស់នៅក្នុងកោសិកានៅពេលជាក់លាក់ណាមួយ ដើម្បីស្វែងយល់ថាហ្សែនណាខ្លះកំពុងសកម្ម និងហ្សែនណាខ្លះមិនសកម្មពេលជួបបញ្ហាអ្វីមួយ។ | ដូចជាការធ្វើជំរឿនប្រជាជននៅក្នុងទីក្រុងមួយ ដើម្បីដឹងថាមានមនុស្សប៉ុន្មាននាក់កំពុងធ្វើការងារអ្វីខ្លះនៅថ្ងៃនោះ។ |
| Upregulation and Downregulation (ការកើនឡើង និងការថយចុះនៃការបញ្ចេញហ្សែន) | ជាដំណើរការដែលកោសិការុក្ខជាតិបង្កើន (Upregulation) ឬបន្ថយ (Downregulation) ការផលិតប្រូតេអ៊ីន ឬ RNA ពីហ្សែនណាមួយ ដើម្បីសម្របខ្លួនទៅនឹងការប្រែប្រួលបរិស្ថាន ឬការវាយប្រហារពីជំងឺ។ | ដូចជាការមួលប៉ូតុងសម្លេងវិទ្យុឱ្យលឺខ្លាំងជាងមុនពេលមានព័ត៌មានសំខាន់ (Upregulation) និងបន្ថយសម្លេងនៅពេលចង់សម្រាក (Downregulation)។ |
| Abiotic and Biotic stress (ភាពតានតឹងអជីវិត និងជីវិត) | ជាផលប៉ះពាល់អវិជ្ជមានមកលើរុក្ខជាតិដោយសារកត្តាគ្មានជីវិត (Abiotic) ដូចជា គ្រោះរាំងស្ងួត សីតុណ្ហភាពទាប ឬកត្តាមានជីវិត (Biotic) ដូចជា ការវាយប្រហារពីវីរុស និងមេរោគផ្សិត។ | ដូចជាការលំបាករបស់មនុស្សដែលបណ្តាលមកពីអាកាសធាតុក្តៅខ្លាំង (Abiotic) ឬការឈឺដោយសារឆ្លងជំងឺផ្តាសាយ (Biotic)។ |
| FPKM (Fragments Per Kilobase of transcript per Million mapped reads) | ជារង្វាស់ខ្នាតស្តង់ដារមួយនៅក្នុងជីវព័ត៌មានវិទ្យា ដែលគេប្រើសម្រាប់វាស់បរិមាណ ឬកម្រិតនៃសកម្មភាពបញ្ចេញហ្សែននីមួយៗ ដោយផ្អែកលើទិន្នន័យដែលអានបានពីបច្ចេកវិទ្យា RNA-Seq។ | ដូចជាការគណនាចំនួនរថយន្តដែលឆ្លងកាត់ផ្លូវមួយក្នុងមួយម៉ោង ដើម្បីប្រៀបធៀបថាផ្លូវណាមានចរាចរណ៍មមាញឹកជាងគេ។ |
| PEG 6000 treatment (ការសាកល្បងដោយប្រើសូលុយស្យុង PEG 6000) | ជាវិធីសាស្ត្រក្នុងមន្ទីរពិសោធន៍ដែលគេប្រើសារធាតុគីមី Polyethylene glycol 6000 ដើម្បីស្រូបយកទឹកចេញពីរុក្ខជាតិ ក្នុងគោលបំណងបង្កើតជាស្ថានភាពក្លែងក្លាយនៃគ្រោះរាំងស្ងួត ដើម្បីមើលការឆ្លើយតបរបស់រុក្ខជាតិ។ | ដូចជាការយកប៉ុងជូតក្តារខៀនទៅដាក់ក្បែរដុំអេប៉ុងស្ងួតដែលស្រូបទឹកពីវា ដើម្បីតេស្តមើលថាប៉ុងនោះអាចរក្សាទឹកបានកម្រិតណាពេលគ្មានទឹកពីខាងក្រៅ។ |
អត្ថបទដែលបានបោះពុម្ពនៅលើ KhmerResearch ដែលទាក់ទងនឹងប្រធានបទនេះ៖
ប្រធានបទ និងសំណួរស្រាវជ្រាវដែលទាក់ទងនឹងឯកសារនេះ ដែលអ្នកអាចស្វែងរកបន្ថែម៖
