បញ្ហា (The Problem)៖ យន្តការគេចវេសពីប្រព័ន្ធភាពស៊ាំរបស់កោសិកាមហារីក គឺត្រូវបានសម្របសម្រួលដោយអន្តរកម្មប្រូតេអ៊ីន PD-L1/PD-1 ដែលធ្វើឱ្យការព្យាបាលជំងឺមហារីកជួបការលំបាក។ ការសិក្សានេះស្វែងរកសមាសធាតុជីវសកម្មពីរុក្ខជាតិឱសថ Cyperus rotundus L. (CRE) ដើម្បីរារាំងអន្តរកម្មនេះ និងធ្វើឱ្យកោសិកា T សកម្មឡើងវិញ។
វិធីសាស្ត្រ (The Methodology)៖ ការសិក្សានេះបានប្រើប្រាស់វិធីសាស្ត្រតាមកុំព្យូទ័រ (In silico) ដើម្បីទស្សន៍ទាយ និងវិភាគអន្តរកម្មរវាងសមាសធាតុជីវសកម្មក្នុងរុក្ខជាតិ និងប្រូតេអ៊ីនគោលដៅ បើប្រៀបធៀបជាមួយសារធាតុរារាំង BMS-202។
លទ្ធផលសំខាន់ៗ (The Verdict)៖
| វិធីសាស្ត្រ (Method) | គុណសម្បត្តិ (Pros) | គុណវិបត្តិ (Cons) | លទ្ធផលគន្លឹះ (Key Result) |
|---|---|---|---|
| BMS-202 (Control Inhibitor) សារធាតុរារាំងត្រួតពិនិត្យ (BMS-202) |
មានថាមពលភ្ជាប់ទាបបំផុត និងមានស្ថិរភាពខ្ពស់ក្នុងការក្លែងធ្វើចលនាម៉ូលេគុលយឺតយ៉ាវ។ | ទោះបីជាមានប្រសិទ្ធភាពខ្ពស់ ប៉ុន្តែវាជាសារធាតុគីមីសំយោគ ដែលមិនមែនជាគោលដៅនៃការស្វែងរកឱសថធម្មជាតិថ្មីពីរុក្ខជាតិឡើយ។ | ថាមពលភ្ជាប់ -១១.២ kcal/mol និងមានចំណងអ៊ីដ្រូសែន ៣ ជាមួយប្រូតេអ៊ីន PD-L1។ |
| Luteolin (Cmpd3) សមាសធាតុ Luteolin (Cmpd3) |
មានថាមពលភ្ជាប់ទាបល្អបន្ទាប់ពី BMS-202 មានចំណងអ៊ីដ្រូសែនច្រើនជាងគេបំផុត (៤ចំណង) និងមានស្ថិរភាពខ្លាំងបំផុតក្នុងចំណោមសមាសធាតុពីរុក្ខជាតិ។ | ថាមពលភ្ជាប់នៅខ្សោយជាងសារធាតុរារាំង BMS-202 បន្តិចបន្តួច។ | ថាមពលភ្ជាប់ -៨.៩ kcal/mol និងបង្កើតបានចំណងអ៊ីដ្រូសែនចំនួន ៤។ |
| Tetramethylcyclopentadiene (Cmpd2) សមាសធាតុ Tetramethylcyclopentadiene (Cmpd2) |
មានសកម្មភាពរារាំងអង់ស៊ីមមួយចំនួនពាក់ព័ន្ធនឹងជំងឺមហារីក ផ្អែកតាមការទស្សន៍ទាយរបស់ PASS Server។ | មិនមានបង្កើតចំណងអ៊ីដ្រូសែនជាមួយប្រូតេអ៊ីនគោលដៅទេ ហើយមានអស្ថិរភាពក្នុងការក្លែងធ្វើចលនាម៉ូលេគុល។ | ថាមពលភ្ជាប់ខ្សោយត្រឹម -៦.២ kcal/mol។ |
| NCGC00380624-01 (Cmpd1) សមាសធាតុ NCGC00380624-01 (Cmpd1) |
មានសក្តានុពលមួយចំនួនទាក់ទងនឹងការប្រឆាំងការរលាក និងជាសារធាតុជម្រុញ Apoptosis។ | មានថាមពលភ្ជាប់ខ្សោយជាងគេបំផុត គ្មានចំណងអ៊ីដ្រូសែន និងរបូតចេញពីប្រូតេអ៊ីនគោលដៅកំឡុងពេលក្លែងធ្វើចលនាម៉ូលេគុល។ | ថាមពលភ្ជាប់ត្រឹមតែ -៤.០ kcal/mol និងរបូតចេញនៅនាទីទី ៣៦ns។ |
ការចំណាយលើធនធាន (Resource Cost)៖ ការសិក្សានេះពឹងផ្អែកលើការវិភាគក្នុងកុំព្យូទ័រ (In silico) និងឧបករណ៍មន្ទីរពិសោធន៍កម្រិតខ្ពស់សម្រាប់ការចម្រាញ់ទិន្នន័យពីវត្ថុធាតុដើម ដែលទាមទារធនធានកុំព្យូទ័រមានកម្លាំងខ្លាំង និងទិន្នន័យជីវគីមីវិទ្យាជាក់លាក់។
ការសិក្សានេះបានប្រើប្រាស់វត្ថុធាតុដើមរុក្ខជាតិ Cyperus rotundus L. (ស្មៅក្រវាញជ្រូក) ដែលប្រមូលបានពីតំបន់ East Java ប្រទេសឥណ្ឌូនេស៊ី។ ដោយសារកត្តាអាកាសធាតុ គុណភាពដី និងបរិស្ថានមានភាពខុសគ្នា សមាសធាតុជីវសកម្មនៅក្នុងរុក្ខជាតិប្រភេទនេះដែលដុះនៅប្រទេសកម្ពុជាអាចមានកំហាប់ ឬគុណភាពខុសគ្នា។ នេះតម្រូវឱ្យមានការសិក្សាផ្ទៀងផ្ទាត់ឡើងវិញដោយប្រើប្រាស់ពូជរុក្ខជាតិក្នុងស្រុក ដើម្បីបញ្ជាក់ពីប្រសិទ្ធភាពពិតប្រាកដសម្រាប់កម្ពុជា។
វិធីសាស្ត្រតាមកុំព្យូទ័រ (In silico) និងការស្រាវជ្រាវរុក្ខជាតិឱសថនេះ គឺមានសារៈសំខាន់ និងអាចយកមកអនុវត្តបានយ៉ាងល្អសម្រាប់ការអភិវឌ្ឍវិស័យឱសថសាស្ត្រនៅកម្ពុជា។
ជារួម បច្ចេកទេសក្លែងធ្វើតាមកុំព្យូទ័រនេះ គឺជាឧបករណ៍ដ៏មានប្រសិទ្ធភាព និងសន្សំសំចៃខ្ពស់សម្រាប់អ្នកស្រាវជ្រាវកម្ពុជាក្នុងការរុករកឱសថថ្មីៗពីរុក្ខជាតិធម្មជាតិ មុននឹងបោះជំហានចូលទៅកាន់ការពិសោធន៍ក្នុងមន្ទីរពិសោធន៍ផ្ទាល់ (In vitro & In vivo)។
ដើម្បីអនុវត្តតាមការសិក្សានេះ និស្សិតគួរអនុវត្តតាមជំហានខាងក្រោម៖
| ពាក្យបច្ចេកទេស | ការពន្យល់ជាខេមរភាសា (Khmer Explanation) | និយមន័យសាមញ្ញ (Simple Definition) |
|---|---|---|
| Molecular docking (ការដាក់តម្រៀបម៉ូលេគុល / ការក្លែងធ្វើអន្តរកម្មម៉ូលេគុល) | ជាបច្ចេកទេសក្នុងកុំព្យូទ័រ (In silico) ដែលប្រើដើម្បីទស្សន៍ទាយពីរបៀប និងកម្លាំងដែលម៉ូលេគុលតូចមួយ (ដូចជាថ្នាំឱសថ) ភ្ជាប់ទៅនឹងប្រូតេអ៊ីនគោលដៅនៃជំងឺ ដើម្បីវាយតម្លៃថាតើវាអាចរារាំងដំណើរការរបស់ប្រូតេអ៊ីននោះបានកម្រិតណា។ | ដូចជាការយកកូនសោរាប់ពាន់សាកល្បងចាក់ចូលទៅក្នុងមេកូនសោមួយ តាមរយៈកុំព្យូទ័រ ដើម្បីរកមើលថាកូនសោមួយណាអាចចាក់ចូល និងស៊ីគ្នាបានល្អជាងគេបំផុត។ |
| Molecular dynamics simulation (ការក្លែងធ្វើចលនាម៉ូលេគុលយឺតយ៉ាវ / ការក្លែងធ្វើឌីណាមិកម៉ូលេគុល) | ជាការប្រើប្រាស់កម្លាំងម៉ាស៊ីនកុំព្យូទ័រ ដើម្បីសិក្សាពីចលនា និងស្ថិរភាពនៃចំណងរវាងម៉ូលេគុល និងប្រូតេអ៊ីន នៅក្នុងបរិយាកាសសិប្បនិម្មិតមួយ (មានទឹក សីតុណ្ហភាព និងសម្ពាធដូចក្នុងរាងកាយ) តាមពេលវេលាជាក់លាក់ ដើម្បីបញ្ជាក់ថាចំណងនោះជាប់រឹងមាំ ឬងាយរបូតវិញ។ | ដូចជាការយកកូនសោដែលចាក់ចូលមេកូនសោហើយ មកអង្រួន តក់ ឬសាកល្បងក្នុងស្ថានភាពរញ្ជួយនានា ដើម្បីមើលថាតើវានៅជាប់ល្អ ឬក៏របូតចេញមកវិញ។ |
| PD-L1/PD-1 interaction (អន្តរកម្ម PD-L1/PD-1) | គឺជាដំណើរការដែលប្រូតេអ៊ីន PD-L1 ដែលស្ថិតនៅលើកោសិកាមហារីក បានទៅភ្ជាប់ជាមួយនឹងប្រូតេអ៊ីន PD-1 ដែលនៅលើកោសិកាភាពស៊ាំ (T cells) ដែលសកម្មភាពនេះបញ្ជូនសញ្ញាធ្វើឱ្យកោសិកាភាពស៊ាំងងុយដេក និងមិនអាចសម្លាប់កោសិកាមហារីកបាន។ | ដូចជាចោរ (កោសិកាមហារីក) បង្ហាញលិខិតឆ្លងដែនក្លែងក្លាយ (PD-L1) ទៅឱ្យប៉ូលីស (PD-1) ធ្វើឱ្យប៉ូលីសគិតថាជាមនុស្សល្អ ហើយក៏ដោះលែងមិនចាប់ខ្លួន។ |
| Immune checkpoint (ចំណុចត្រួតពិនិត្យប្រព័ន្ធភាពស៊ាំ) | ជាយន្តការធម្មជាតិរបស់រាងកាយដែលមានតួនាទីជារបាំងហាមឃាត់មិនឱ្យប្រព័ន្ធភាពស៊ាំវាយប្រហារកោសិកាខ្លួនឯងខ្លាំងពេក (ចៀសវាងជំងឺប្រឆាំងរាងកាយឯង)។ ប៉ុន្តែកោសិកាមហារីកតែងតែប្រើប្រាស់យន្តការនេះដើម្បីបោកបញ្ឆោតប្រព័ន្ធភាពស៊ាំឱ្យឈប់វាយប្រហារពួកវា។ | ដូចជាប៉ុស្តិ៍ត្រួតពិនិត្យរបស់ប៉ូលីស ដែលចាំឃាត់យានយន្តបើកបរលឿនពេក ប៉ុន្តែពេលខ្លះឧក្រិដ្ឋជនអាចប្រើប្រាស់ប័ណ្ណអនុញ្ញាតពិសេសដើម្បីបើកកាត់ដោយសុវត្ថិភាព។ |
| LC-HRMS / Liquid chromatography-high resolution mass spectrometry (ម៉ាសក្រូម៉ាតូក្រាហ្វីកម្រិតច្បាស់ខ្ពស់) | ជាបច្ចេកវិទ្យាវិភាគគីមីកម្រិតខ្ពស់ ដែលត្រូវបានប្រើដើម្បីបំបែក កំណត់អត្តសញ្ញាណ និងវាស់បរិមាណសមាសធាតុផ្សំផ្សេងៗដែលមាននៅក្នុងល្បាយដ៏ស្មុគស្មាញ (ដូចជាទឹកចម្រាញ់ពីរុក្ខជាតិ) ដោយផ្អែកលើទម្ងន់ម៉ាសម៉ូលេគុលរបស់វាយ៉ាងច្បាស់លាស់។ | ដូចជាម៉ាស៊ីនរាប់កាក់ដ៏ឆ្លាតវៃ ដែលអាចបែងចែក និងប្រាប់យើងថាមានកាក់ប្រភេទអ្វីខ្លះ និងចំនួនប៉ុន្មានយ៉ាងច្បាស់លាស់ ដោយផ្អែកលើទម្ងន់ និងទំហំនៃកាក់នីមួយៗ។ |
| Binding energy (ថាមពលភ្ជាប់) | គឺជារង្វាស់នៃកម្លាំងអន្តរកម្មរវាងម៉ូលេគុលពីរ (ដូចជាថ្នាំ និងប្រូតេអ៊ីន) ដែលវាស់ជាឯកតា kcal/mol។ តម្លៃថាមពលភ្ជាប់កាន់តែទាប (អវិជ្ជមានកាន់តែខ្លាំង) បង្ហាញថាការភ្ជាប់គ្នានោះកាន់តែមានស្ថិរភាព និងពិបាកនឹងបំបែក។ | ដូចជាកម្លាំងឆក់របស់មេដែក ដែលមេដែកមានកម្លាំងឆក់កាន់តែខ្លាំង វាទាមទារកម្លាំងកាន់តែច្រើនដើម្បីទាញវាចេញពីគ្នា។ |
| Hypoxia-inducible factor 1α / HIF-1α (កត្តាជំរុញដោយកង្វះអុកស៊ីហ្សែន 1α) | ជាប្រភេទប្រូតេអ៊ីនដែលកោសិកាបង្កើតឡើងនៅពេលរាងកាយ ឬជាលិកាខ្វះអុកស៊ីហ្សែន (ឧទាហរណ៍នៅក្នុងបរិស្ថាននៃដុំសាច់មហារីក)។ វាដើរតួជាអ្នកបញ្ជាឱ្យកោសិកាមហារីកបញ្ចេញប្រូតេអ៊ីន PD-L1 បន្ថែមទៀតដើម្បីការពារខ្លួនពីប្រព័ន្ធភាពស៊ាំ។ | ដូចជាប្រព័ន្ធប្រកាសអាសន្ននៅក្នុងអគារមួយ នៅពេលដាច់ភ្លើង វាបញ្ជាឱ្យទ្វារសុវត្ថិភាពបិទដោយស្វ័យប្រវត្តិដើម្បីការពារអ្នកនៅខាងក្នុង។ |
| Root-mean-square deviation / RMSD (គម្លាតរង្វាស់ជាមធ្យម) | ជារង្វាស់ស្ថិតិនៅក្នុងការក្លែងធ្វើចលនាម៉ូលេគុល ដែលប្រើដើម្បីគណនាពីកម្រិតនៃការផ្លាស់ប្តូររូបរាង ឬទីតាំងរបស់ប្រូតេអ៊ីន ឬម៉ូលេគុល ធៀបនឹងទម្រង់ដើមរបស់វា។ តម្លៃ RMSD ទាប (ក្រោម 3 Å) បញ្ជាក់ថាទម្រង់នោះមានស្ថិរភាពខ្ពស់ និងមិនសូវរើបម្រះ។ | ដូចជាការវាស់ស្ទង់មើលថាតើកៅអីមួយបានរំកិលចេញពីកន្លែងដើមប៉ុន្មានសង់ទីម៉ែត្រ បន្ទាប់ពីមានមនុស្សអង្គុយលើវាមួយសន្ទុះធំ។ |
អត្ថបទដែលបានបោះពុម្ពនៅលើ KhmerResearch ដែលទាក់ទងនឹងប្រធានបទនេះ៖
ប្រធានបទ និងសំណួរស្រាវជ្រាវដែលទាក់ទងនឹងឯកសារនេះ ដែលអ្នកអាចស្វែងរកបន្ថែម៖
