បញ្ហា (The Problem)៖ អនុគមន៍ផ្តល់ពិន្ទុ (Scoring functions) គឺជាធាតុសំខាន់នៅក្នុងការចតម៉ូលេគុល (molecular docking) ដើម្បីទស្សន៍ទាយប្រសិទ្ធភាពនៃការចាប់យកម៉ូលេគុល ប៉ុន្តែការកំណត់ថាអនុគមន៍ណាមួយសមស្របជាងគេ ឬមានទំនាក់ទំនងគ្នាយ៉ាងណានោះ នៅតែជាបញ្ហាប្រឈមនៅឡើយ។
វិធីសាស្ត្រ (The Methodology)៖ ការសិក្សានេះប្រើប្រាស់វិធីសាស្ត្រធ្វើសេចក្តីសម្រេចចិត្តពហុលក្ខខណ្ឌ (multi-criterion decision-making) ផ្អែកលើការវិភាគ InterCriteria (ICrA) ដើម្បីប្រៀបធៀបអនុគមន៍ផ្តល់ពិន្ទុចំនួន ៥ នៅក្នុងកម្មវិធី MOE លើសំណុំទិន្នន័យស្តង់ដារ។
លទ្ធផលសំខាន់ៗ (The Verdict)៖
| វិធីសាស្ត្រ (Method) | គុណសម្បត្តិ (Pros) | គុណវិបត្តិ (Cons) | លទ្ធផលគន្លឹះ (Key Result) |
|---|---|---|---|
| Alpha HB & London dG (Scoring Functions) អនុគមន៍ផ្តល់ពិន្ទុពីរប្រភេទនៅក្នុងកម្មវិធី MOE ដែលផ្តោតលើសម្ព័ន្ធអ៊ីដ្រូសែន និងថាមពលសេរីនៃការចងសម្ព័ន្ធ |
បង្ហាញភាពស្របគ្នាវិជ្ជមាន (Positive Consonance) ខ្ពស់បំផុត មានន័យថាផ្តល់លទ្ធផលប្រហាក់ប្រហែលគ្នា និងអាចជឿទុកចិត្តបានក្នុងការទស្សន៍ទាយទីតាំងនៃម៉ូលេគុល។ | ដោយសារពួកវាផ្តល់លទ្ធផលស្រដៀងគ្នា ការប្រើប្រាស់ទាំងពីរព្រមគ្នាអាចនាំឱ្យមានការខ្ជះខ្ជាយធនធានគណនា (Redundancy)។ | អនុគមន៍ទាំងពីរនេះមានកម្រិតនៃការយល់ស្រប (Degree of Agreement) ខ្ពស់ជាងគេក្នុងការពិសោធន៍ BestRMSD ។ |
| InterCriteria Analysis (ICrA) វិធីសាស្ត្រវិភាគពហុលក្ខខណ្ឌដែលប្រើតក្កវិជ្ជាស្រពិចស្រពិល (Intuitionistic Fuzzy Sets) ដើម្បីវាស់វែងទំនាក់ទំនងរវាងទិន្នន័យ |
អាចកំណត់ទំនាក់ទំនងស្មុគស្មាញដូចជា 'ភាពមិនចុះសម្រុងគ្នា' (Dissonance) និង 'ភាពមិនប្រាកដប្រជា' (Uncertainty) ដែលការវិភាគទំនាក់ទំនងធម្មតាមិនអាចរកឃើញ។ | ទាមទារការយល់ដឹងអំពីគណិតវិទ្យានៃ Index Matrices និងការកំណត់កម្រិតចាប់យក (Thresholds) ដែលសមស្រប។ | ផ្តល់ព័ត៌មានលម្អិតជាង Pearson Correlation ដោយបង្ហាញថាអនុគមន៍ខ្លះមានភាពមិនចុះសម្រុងគ្នា (Dissonance) ក្នុងលក្ខខណ្ឌខ្លះ។ |
| Pearson Correlation Analysis (CA) វិធីសាស្ត្រស្ថិតិស្តង់ដារសម្រាប់វាស់វែងទំនាក់ទំនងលីនេអ៊ែរវាងអថេរពីរ |
ងាយស្រួលគណនា និងជាស្តង់ដារដែលគេស្គាល់ទូទៅក្នុងការស្រាវជ្រាវ។ | មិនអាចចាប់យកទំនាក់ទំនងដែលមិនមែនជាលីនេអ៊ែរ ឬបែងចែករវាងភាពមិនចុះសម្រុងគ្នា និងភាពមិនប្រាកដប្រជាបានទេ។ | បង្ហាញទំនាក់ទំនងខ្សោយជាង ICrA នៅក្នុងករណីភាគច្រើននៃការសិក្សានេះ។ |
ការចំណាយលើធនធាន (Resource Cost)៖ ការសិក្សានេះទាមទារធនធានផ្នែកទន់ (Software) ជាចម្បង និងកុំព្យូទ័រដែលមានសមត្ថភាពមធ្យមសម្រាប់ការធ្វើ Molecular Docking ។
ការសិក្សានេះប្រើប្រាស់សំណុំទិន្នន័យស្តង់ដារអន្តរជាតិ CASF-2013 ដែលមានលក្ខណៈចម្រុះនៃប្រូតេអ៊ីន និងលីហ្គង់ (Ligands)។ ទោះបីជាមិនមានទិន្នន័យលំអៀងភូមិសាស្ត្រក៏ដោយ ប៉ុន្តែវាជាទិន្នន័យពិសោធន៍ទូទៅ (Benchmark) ដែលមិនបានផ្តោតលើជំងឺជាក់លាក់ណាមួយដែលកើតមានច្រើននៅកម្ពុជាទេ។
វិធីសាស្ត្រនេះមានប្រយោជន៍យ៉ាងខ្លាំងសម្រាប់អ្នកស្រាវជ្រាវកម្ពុជាក្នុងវិស័យឱសថសាស្ត្រ និងគីមីវិទ្យា ដើម្បីកាត់បន្ថយពេលវេលា និងការចំណាយក្នុងការស្រាវជ្រាវរកថ្នាំថ្មី។
ការប្រើប្រាស់ ICrA គឺជាបច្ចេកទេសវិភាគដ៏មានអានុភាពដែលអាចអនុវត្តបានភ្លាមៗនៅក្នុងកម្ពុជា ដោយគ្រាន់តែផ្លាស់ប្តូរពីកម្មវិធី MOE (ដែលមានតម្លៃថ្លៃ) មកប្រើកម្មវិធីឥតគិតថ្លៃដូចជា AutoDock Vina រួចវិភាគដោយ ICrAData ។
ដើម្បីអនុវត្តតាមការសិក្សានេះ និស្សិតគួរអនុវត្តតាមជំហានខាងក្រោម៖
| ពាក្យបច្ចេកទេស | ការពន្យល់ជាខេមរភាសា (Khmer Explanation) | និយមន័យសាមញ្ញ (Simple Definition) |
|---|---|---|
| Molecular Docking | ដំណើរការកុំព្យូទ័រដែលព្យាករណ៍ពីទម្រង់ និងទីតាំងនៃការភ្ជាប់គ្នារវាងម៉ូលេគុលតូច (លីហ្គង់/ថ្នាំ) និងប្រូតេអ៊ីនគោលដៅ ដើម្បីមើលថាតើពួកវាអាចចាប់យកគ្នាបានល្អកម្រិតណា។ | ប្រៀបដូចជាការប្រើកុំព្យូទ័រដើម្បីសាកល្បងចាក់កូនសោ (ថ្នាំ) ចូលទៅក្នុងមេសោ (ប្រូតេអ៊ីន) ដើម្បីមើលថាវាត្រូវគ្នាឬអត់។ |
| Scoring Functions | រូបមន្តគណិតវិទ្យាដែលប្រើក្នុងការចតម៉ូលេគុល ដើម្បីផ្តល់ពិន្ទុវាយតម្លៃថា តើការភ្ជាប់គ្នារវាងម៉ូលេគុលនិងប្រូតេអ៊ីនមានភាពរឹងមាំ និងត្រឹមត្រូវកម្រិតណា។ | ដូចជាគណៈកម្មការដែលផ្តល់ពិន្ទុដល់កីឡាករ ដោយផ្អែកលើថាពួកគេសម្តែងបានល្អប៉ុណ្ណា។ |
| InterCriteria Analysis (ICrA) | វិធីសាស្ត្រវិភាគពហុលក្ខខណ្ឌដែលប្រើតក្កវិជ្ជាស្រពិចស្រពិល (Intuitionistic Fuzzy Logic) ដើម្បីវាស់វែងទំនាក់ទំនងរវាងទិន្នន័យ ដោយគិតគូរទាំងភាពស្របគ្នា ភាពផ្ទុយគ្នា និងភាពមិនប្រាកដប្រជា។ | ប្រៀបដូចជាការស្តាប់មតិអ្នកជំនាញជាច្រើន ហើយវិភាគថាតើពួកគេយល់ស្របគ្នាខ្លាំងប៉ុណ្ណា និងមានចំណុចណាខ្លះដែលពួកគេមិនច្បាស់។ |
| Root Mean Square Deviation (RMSD) | រង្វាស់គណិតវិទ្យាសម្រាប់គណនាគម្លាត ឬភាពខុសគ្នារវាងទីតាំងអាតូមនៃម៉ូលេគុលដែលបានព្យាករណ៍ ធៀបនឹងទីតាំងជាក់ស្តែងក្នុងការពិសោធន៍។ | ដូចជាការវាស់ចម្ងាយថា គ្រាប់ព្រួញដែលអ្នកបាញ់ទៅ ធ្លាក់ឆ្ងាយពីចំណុចកណ្តាលនៃផ្ទាំងស៊ីបប៉ុណ្ណា (កាន់តែជិត កាន់តែល្អ)។ |
| Positive Consonance | ពាក្យបច្ចេកទេសក្នុង ICrA ដែលបង្ហាញថា លក្ខខណ្ឌពីរមានទំនាក់ទំនងស្របគ្នាខ្លាំង ពោលគឺនៅពេលទិន្នន័យមួយកើនឡើង ទិន្នន័យមួយទៀតក៏កើនឡើងដែរ ដោយគ្មានភាពផ្ទុយគ្នា។ | ដូចជាមិត្តភក្តិពីរនាក់ដែលតែងតែយល់ស្របគ្នាស្ទើរតែគ្រប់រឿង។ |
| Intuitionistic Fuzzy Sets | ទ្រឹស្តីសំណុំគណិតវិទ្យាដែលមិនត្រឹមតែកំណត់ថា 'មែន' ឬ 'ទេ' (0 ឬ 1) ប៉ុន្តែថែមទាំងគិតគូរពី 'កម្រិតនៃភាពមិនប្រាកដប្រជា' (Uncertainty) ផងដែរ។ | ជំនួសឱ្យការនិយាយថាទឹក 'ក្តៅ' ឬ 'ត្រជាក់' វាអនុញ្ញាតឱ្យយើងនិយាយថា 'ក្តៅ ៦០% ត្រជាក់ ១០% និង មិនច្បាស់ ៣០%' ។ |
អត្ថបទដែលបានបោះពុម្ពនៅលើ KhmerResearch ដែលទាក់ទងនឹងប្រធានបទនេះ៖
ប្រធានបទ និងសំណួរស្រាវជ្រាវដែលទាក់ទងនឹងឯកសារនេះ ដែលអ្នកអាចស្វែងរកបន្ថែម៖
